Long Noncoding RNAs in Interaction With RNA Binding Proteins in Hepatocellular Carcinoma.
Long Noncoding RNAs in Interaction With RNA Binding Proteins in Hepatocellular Carcinoma.
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DOI：
10.5812/hepatmon.18794
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发表时间：
2014-05
影响因子：
0.6
通讯作者：
Mohamadkhani A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mohamadkhani A
基因表达微阵列的分析提供了对缺乏编码蛋白功能的长非编码 RNA (lncRNA) 的描述，而编码蛋白功能在人类癌症中通常很重要。本研究安排了许多在肝细胞癌 (HCC) 中得到充分表征的 lncRNA，以讨论蛋白质-lncRNA 相互作用。通过生物信息学工具 starBase 和 lncRNA db 分析鉴定出的 lncRNA，以预测倾向于与 HCC 相关 lncRNA 相互作用的 RNA 结合蛋白 (RBP)。简要讨论了与 HCC 中众所周知的 lncRNA 相互作用的最重要的预测 RBP。据报道，lncRNA HOTTIP、H19、HOTAIR、MALAT1、反义 Igf2r (AIR)、HOXA13、GTL2（也称为 MEG3）和 uc002mb 与 HCC 相关。此外，本研究预测 eIF4AIII、PTB 和 FUS 是与 HCC 相关 lncRNA 相互作用最多的 RBP。这些信息为之前有关 lncRNA 功能的有价值的文献提供了解释，并为新的治疗靶向提供了建议。
Gene expression microarrays' analyses provide a description of long noncoding RNAs (lncRNAs) with lack of coding protein function that is often important in human cancer. A number of lncRNAs that have been well characterized in hepatocellular carcinoma (HCC) have been scheduled in this study to discuss for protein–lncRNA interaction. The identified lncRNAs were analyzed by bioinformatics tools, starBase and lncRNA db, to anticipate the RNA-binding proteins (RBPs) that tend to interact to HCC-related lncRNAs. The most important predicted RBPs in interaction with well-known lncRNAs in HCC were briefly discussed. The lncRNAs HOTTIP, H19, HOTAIR, MALAT1, antisense Igf2r (AIR), HOXA13, GTL2 (also called MEG3) and uc002mb have been reported in association with HCC. Besides, this study predicted that eIF4AIII, PTB and FUS were the most involved RBPs in interaction with HCC-related lncRNAs. This information provides an explanation for the previously valuable literature on the functions of lncRNAs and suggest for the novel therapeutic targeting.
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