Annotating RNA motifs in sequences and alignments.
Annotating RNA motifs in sequences and alignments.
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DOI：
10.1093/nar/gku1327
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Eldai H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gardner PP;Eldai H
RNA在所有细胞生命中执行各种各样的重要功能。这些功能包括在翻译、构建翻译机制和成熟信使RNA中的重要作用。最近的发现包括调节基因表达的miRNA和细菌sRNA，帮助原核生物感知其环境的热传感器，核糖开关和其他顺式调节元件，以及抑制转座的真核piRNA。然而，从最初发现RNA到确定其功能可能需要很长时间。我们提出了一种生物信息学方法来表征RNA基序，这是许多RNA结构-功能关系的关键组成部分。在某些情况下，这些基序可以为研究人员提供未表征RNA的功能假设。此外，我们还介绍了一个新的基于轮廓的RNA基序数据库-RMfam-并说明了一些应用程序的研究RNA的进化和功能表征。与本工作相关的所有数据和脚本可从https://github.com/ppgardne/RMfam获得。
RNA performs a diverse array of important functions across all cellular life. These functions include important roles in translation, building translational machinery and maturing messenger RNA. More recent discoveries include the miRNAs and bacterial sRNAs that regulate gene expression, the thermosensors, riboswitches and other cis-regulatory elements that help prokaryotes sense their environment and eukaryotic piRNAs that suppress transposition. However, there can be a long period between the initial discovery of a RNA and determining its function. We present a bioinformatic approach to characterize RNA motifs, which are critical components of many RNA structure–function relationships. These motifs can, in some instances, provide researchers with functional hypotheses for uncharacterized RNAs. Moreover, we introduce a new profile-based database of RNA motifs—RMfam—and illustrate some applications for investigating the evolution and functional characterization of RNA. All the data and scripts associated with this work are available from: https://github.com/ppgardne/RMfam.
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影响因子：
5.6
作者：
Abramovitz, DL;Pyle, AM
通讯作者：
Pyle, AM
DOI：
10.1038/newbio229147a0
发表时间：
1971-01-01
期刊：
NATURE-NEW BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
BROWNLEE, GG
通讯作者：
BROWNLEE, GG
RNIE：细菌内在终结剂的全基因组预测。
影响因子：
14.9
作者：
Gardner PP;Barquist L;Bateman A;Nawrocki EP;Weinberg Z
通讯作者：
Weinberg Z
影响因子：
7
作者：
Freyhult, Eva K.;Bollback, Jonathan P.;Gardner, Paul P.
通讯作者：
Gardner, Paul P.
影响因子：
14.9
作者：
Gorodkin, J;Stricklin, SL;Stormo, GD
通讯作者：
Stormo, GD