RNIE: genome-wide prediction of bacterial intrinsic terminators.
RNIE: genome-wide prediction of bacterial intrinsic terminators.
复制标题
RNIE：细菌内在终结剂的全基因组预测。
DOI：
10.1093/nar/gkr168
复制
发表时间：
2011-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Weinberg Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gardner PP;Barquist L;Bateman A;Nawrocki EP;Weinberg Z
细菌 Rho 独立终止子 (RIT) 是参与基因调控和终止基因表达的重要基因组标志。在这项研究中，我们提出了 RNIE，一种预测 RIT 的概率方法。该方法基于协方差模型，多年来该模型一直被认为是预测结构非编码 RNA 同源性的最准确的计算工具。我们证明 RNIE 在一系列细菌门的模型物种中具有优越的性能。对预测 RIT 数量较少的物种的进一步分析揭示了在致病性放线菌、结核分枝杆菌的基因末端附近富集的高度保守的结构序列基序。该基序与经典的 RIT 一起，占结核分枝杆菌基因元件末端所有显着结构区域的 90%。下面描述的软件、预测和比对可从 http://github.com/ppgardne/RNIE 获取。
Bacterial Rho-independent terminators (RITs) are important genomic landmarks involved in gene regulation and terminating gene expression. In this investigation we present RNIE, a probabilistic approach for predicting RITs. The method is based upon covariance models which have been known for many years to be the most accurate computational tools for predicting homology in structural non-coding RNAs. We show that RNIE has superior performance in model species from a spectrum of bacterial phyla. Further analysis of species where a low number of RITs were predicted revealed a highly conserved structural sequence motif enriched near the genic termini of the pathogenic Actinobacteria, Mycobacterium tuberculosis. This motif, together with classical RITs, account for up to 90% of all the significantly structured regions from the termini of M. tuberculosis genic elements. The software, predictions and alignments described below are available from http://github.com/ppgardne/RNIE.
登录
查看更多内容
枯草芽孢杆菌和相关物种中转录终止剂的预测。
影响因子：
4.3
作者：
de Hoon, Michiel J L;Makita, Yuko;Nakai, Kenta;Miyano, Satoru
通讯作者：
Miyano, Satoru
影响因子：
14.9
作者：
Leinonen R;Akhtar R;Birney E;Bonfield J;Bower L;Corbett M;Cheng Y;Demiralp F;Faruque N;Goodgame N;Gibson R;Hoad G;Hunter C;Jang M;Leonard S;Lin Q;Lopez R;Maguire M;McWilliam H;Plaister S;Radhakrishnan R;Sobhany S;Slater G;Ten Hoopen P;Valentin F;Vaughan R;Zalunin V;Zerbino D;Cochrane G
通讯作者：
Cochrane G
影响因子：
14.9
作者：
Kröger, M;Wahl, R
通讯作者：
Wahl, R
影响因子：
7
作者：
Langridge, Gemma C.;Phan, Minh-Duy;Turner, A. Keith
通讯作者：
Turner, A. Keith
DOI：
10.1073/pnas.0808832106
发表时间：
2009-01-20
影响因子：
11.1
作者：
Fineran, Peter C.;Blower, Tim R.;Salmond, George P. C.
通讯作者：
Salmond, George P. C.