A high-density screen for linkage in multiple sclerosis.
A high-density screen for linkage in multiple sclerosis.
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用于多发性硬化症连锁的高密度屏幕。
DOI：
10.1086/444547
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发表时间：
2005
影响因子：
9.8
通讯作者：
Schmidt,S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sawcer,Stephen;Ban,Maria;Maranian,Mel;Yeo,TaiWai;Compston,Alastair;Kirby,Andrew;Daly,MarkJ;DeJager,PhilipL;Walsh,Emily;Lander,EricS;Rioux,JohnD;Hafler,DavidA;Ivinson,Adrian;Rimmler,Jacqueline;Gregory,SimonG;Schmidt,S
为了提供多发性硬化症的明确连锁图谱，我们在北方欧洲血统的730个多重家族的数据集中对Illumina BeadArray连锁图谱组（第4版）进行了基因分型。在应用严格的质量阈值后，来自2，692个个体的4，506个标记的数据被包括在分析中。多点非参数连锁分析显示，染色体6p21上的主要组织相容性复合体（MHC）具有高度显著的连锁（最大LOD评分[MLS] 11.66），并提示染色体17q23（MLS 2.45）和5q33（MLS 2.18）上存在连锁。这组标记在整个基因组中实现了79.3%的平均信息提取，孟德尔不一致率仅为0.002%。基于携带多发性硬化相关DRB 1 *1501等位基因的分层未能确定任何其他具有全基因组意义的连锁区域。然而，有序子集分析表明，可能有一个额外的基因座上的染色体19p13的行为独立的主要MHC基因座。这些数据说明了使用人类基因组计划的最新工具可以实现的能力的大幅增加，并表明未来系统地识别多发性硬化症易感基因的尝试将不得不涉及大样本量和基于关联的方法。
To provide a definitive linkage map for multiple sclerosis, we have genotyped the Illumina BeadArray linkage mapping panel (version 4) in a data set of 730 multiplex families of Northern European descent. After the application of stringent quality thresholds, data from 4,506 markers in 2,692 individuals were included in the analysis. Multipoint nonparametric linkage analysis revealed highly significant linkage in the major histocompatibility complex (MHC) on chromosome 6p21 (maximum LOD score [MLS] 11.66) and suggestive linkage on chromosomes 17q23 (MLS 2.45) and 5q33 (MLS 2.18). This set of markers achieved a mean information extraction of 79.3% across the genome, with a Mendelian inconsistency rate of only 0.002%. Stratification based on carriage of the multiple sclerosis–associated DRB1*1501 allele failed to identify any other region of linkage with genomewide significance. However, ordered-subset analysis suggested that there may be an additional locus on chromosome 19p13 that acts independent of the main MHC locus. These data illustrate the substantial increase in power that can be achieved with use of the latest tools emerging from the Human Genome Project and indicate that future attempts to systematically identify susceptibility genes for multiple sclerosis will have to involve large sample sizes and an association-based methodology.
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DOI：
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影响因子：
--
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--
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通讯作者：
L. Kruglyak;E. Lander