Uniform resolution of compact identifiers for biomedical data.
Uniform resolution of compact identifiers for biomedical data.
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DOI：
10.1038/sdata.2018.29
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发表时间：
2018-05-08
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Clark T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wimalaratne SM;Juty N;Kunze J;Janée G;McMurry JA;Beard N;Jimenez R;Grethe JS;Hermjakob H;Martone ME;Clark T
大多数生物医学数据库发布本地唯一的登录号，但不提供全球唯一的，机器可解析的，持久的标识符，为他们的数据集，如出版商希望实现数据引用根据广泛接受的原则。然而，本地加入可以以名称空间标识符作为前缀，从而提供全局唯一性。这种“紧凑标识符”已被广泛用于生物医学信息学，以支持具有局部标识符分配的全局资源标识。我们在这里报告我们的项目，以提供强大的支持机器可解析的，持久的紧凑标识符在生物医学数据引用，通过协调Identifiers.org和N2T.net（名称到的东西）元解析器和扩展其功能。托管在欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）的Identifiers.org服务和托管在加州数字图书馆（CDL）的N2T.net服务现在可以使用基于前缀的重定向规则的公共注册表将来自600多个源数据库的任何给定标识符解析为其在Web上的原始源。我们相信这些服务将对出版商和其他实现持久的、机器可解析的研究数据引用的人有很大的帮助。
Most biomedical data repositories issue locally-unique accessions numbers, but do not provide globally unique, machine-resolvable, persistent identifiers for their datasets, as required by publishers wishing to implement data citation in accordance with widely accepted principles. Local accessions may however be prefixed with a namespace identifier, providing global uniqueness. Such “compact identifiers” have been widely used in biomedical informatics to support global resource identification with local identifier assignment. We report here on our project to provide robust support for machine-resolvable, persistent compact identifiers in biomedical data citation, by harmonizing the Identifiers.org and N2T.net (Name-To-Thing) meta-resolvers and extending their capabilities. Identifiers.org services hosted at the European Molecular Biology Laboratory - European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), and N2T.net services hosted at the California Digital Library (CDL), can now resolve any given identifier from over 600 source databases to its original source on the Web, using a common registry of prefix-based redirection rules. We believe these services will be of significant help to publishers and others implementing persistent, machine-resolvable citation of research data.
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