Regulation of microRNA expression and abundance during lymphopoiesis.
Regulation of microRNA expression and abundance during lymphopoiesis.
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DOI：
10.1016/j.immuni.2010.05.009
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发表时间：
2010-06-25
期刊：
影响因子：
32.4
通讯作者：
Casellas R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuchen S;Resch W;Yamane A;Kuo N;Li Z;Chakraborty T;Wei L;Laurence A;Yasuda T;Peng S;Hu-Li J;Lu K;Dubois W;Kitamura Y;Charles N;Sun HW;Muljo S;Schwartzberg PL;Paul WE;O'Shea J;Rajewsky K;Casellas R
尽管miRNA的细胞浓度对其功能至关重要，但在个体发育过程中miRNA的表达和丰度是如何被调节的尚不清楚。在转录组和表观基因组的背景下，我们应用miRNA-， mRNA-和ChIP-Seq来表征淋巴生成过程中的microrome。我们发现淋巴细胞特异性mirna要么受到多梳群介导的H3K27me3的严格控制，要么在完全表达之前维持在半激活的表观遗传状态。由于miRNA的生物发生，成熟miRNA的细胞浓度通常不能反映转录变化。然而，我们发现了miRNA的一个子集，其丰度由miRNA基因表达决定。我们证实，5p和3p miRNA链的浓度在很大程度上取决于miRNA双链的自由能特性。出乎意料的是，我们还发现miRNA链的积累可以受到发育调控。我们的数据提供了免疫的microRNome的全面图谱，并揭示了形成miRNA稳态的潜在表观遗传和转录力。
Although the cellular concentration of miRNAs is critical to their function, how miRNA expression and abundance are regulated during ontogeny is unclear. We applied miRNA-, mRNA-, and ChIP-Seq to characterize the microRNome during lymphopoiesis within the context of the transcriptome and epigenome. We show that lymphocyte-specific miRNAs are either tightly controlled by polycomb group-mediated H3K27me3, or maintained in a semi-activated epigenetic state prior to full expression. Because of miRNA biogenesis, the cellular concentration of mature miRNAs does not typically reflect transcriptional changes. However, we uncover a subset of miRNAs for which abundance is dictated by miRNA gene expression. We confirm that concentration of 5p and 3p miRNA strands depends largely on free energy properties of miRNA duplexes. Unexpectedly, we also find that miRNA strand accumulation can be developmentally regulated. Our data provide a comprehensive map of immunity’s microRNome and reveal the underlying epigenetic and transcriptional forces that shape miRNA homeostasis.
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