The Dockstore: enhancing a community platform for sharing reproducible and accessible computational protocols.
The Dockstore: enhancing a community platform for sharing reproducible and accessible computational protocols.
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DOI：
10.1093/nar/gkab346
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发表时间：
2021-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stein L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuen D;Cabansay L;Duncan A;Luu G;Hogue G;Overbeck C;Perez N;Shands W;Steinberg D;Reid C;Olunwa N;Hansen R;Sheets E;O'Farrell A;Cullion K;O'Connor BD;Paten B;Stein L
Dockstore（https：//dockstore.org/）是一个用于发布、共享和查找生物信息学工具和工作流程的开源平台。该平台通过使用云技术来提高计算资源的可查找性，可访问性，互操作性和可重用性（FAIR），从而促进了复杂生物信息学分析的可重复性，从而促进了大规模生物医学研究合作。Dockstore支持各种源代码库、分析框架和语言技术，为作者提供无缝的发布平台，以创建科学软件的集中目录。数百种工具和工作流程的即用型打包，再加上互操作性标准的实施，使用户能够跨多个环境启动分析。Dockstore被广泛使用，超过25个知名组织通过该平台以各种工作流语言共享分析集合，包括Broad Institute的GATK最佳实践和COVID-19工作流（WDL），nf-core工作流（Nextflow），Intergalactic Workflow Commission工具（Galaxy）以及Seven Bridges（CWL）的工作流。在这里，我们描述了过去四年中所做的改进，包括扩展支持作者的系统集成、添加支持用户的协作功能和分析平台集成，以及提高Dockstore内容整体科学可重复性的其他增强功能。Dockstore：增强一个开放平台，用于共享使用科学工作流语言描述的基于Docker的工具。
Dockstore (https://dockstore.org/) is an open source platform for publishing, sharing, and finding bioinformatics tools and workflows. The platform has facilitated large-scale biomedical research collaborations by using cloud technologies to increase the Findability, Accessibility, Interoperability and Reusability (FAIR) of computational resources, thereby promoting the reproducibility of complex bioinformatics analyses. Dockstore supports a variety of source repositories, analysis frameworks, and language technologies to provide a seamless publishing platform for authors to create a centralized catalogue of scientific software. The ready-to-use packaging of hundreds of tools and workflows, combined with the implementation of interoperability standards, enables users to launch analyses across multiple environments. Dockstore is widely used, more than twenty-five high-profile organizations share analysis collections through the platform in a variety of workflow languages, including the Broad Institute's GATK best practice and COVID-19 workflows (WDL), nf-core workflows (Nextflow), the Intergalactic Workflow Commission tools (Galaxy), and workflows from Seven Bridges (CWL) to highlight just a few. Here we describe the improvements made over the last four years, including the expansion of system integrations supporting authors, the addition of collaboration features and analysis platform integrations supporting users, and other enhancements that improve the overall scientific reproducibility of Dockstore content. Dockstore: enhancing an open platform for sharing Docker-based tools described with workflow languages for the sciences.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
发表时间：
2017-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
DOI：
10.1126/science.aaf6162
发表时间：
2016-06-10
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrg.2017.113
发表时间：
2018-04
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Langmead B;Nellore A
通讯作者：
Nellore A
影响因子：
--
作者：
Gruening, Bjorn;Sallou, Olivier;Perez-Riverol, Yasset
通讯作者：
Perez-Riverol, Yasset
影响因子：
2.8
作者：
Haak, Laurel L.;Fenner, Martin;Ratner, Howard
通讯作者：
Ratner, Howard