AgBase: a unified resource for functional analysis in agriculture.
AgBase: a unified resource for functional analysis in agriculture.
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DOI：
10.1093/nar/gkl936
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Burgess SC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McCarthy FM;Bridges SM;Wang N;Magee GB;Williams WP;Luthe DS;Burgess SC
功能基因组学（转录组学和蛋白质组学）数据集的分析在农业物种中受阻，因为农业基因组序列的结构和功能注释相对较差。为了促进这些物种的系统生物学研究，我们建立了一个经过整理的、可通过网络访问的公共资源“AgBase”（）。我们通过实验确认电子预测蛋白质的体内表达和蛋白质基因组图谱，改进了农业上重要基因组的结构注释。蛋白质基因组学数据可从AgBase蛋白质基因组学链接获得。我们贡献了基因本体（GO）注释，并为用户提供了一个两层的GO注释系统。“GO联盟”基因关联文件包含仅基于实验数据的最严格的GO注释。“社区”基因关联文件包含基于专家社区知识的GO注释（直接基于作者声明和社区提交的注释）和预测蛋白质的注释。我们已经开发了两种蛋白质组学分析工具，这些工具是免费提供的。使用GO分析功能基因组学数据集的一套工具可在AgBase网站上在线获得。我们鼓励并公开承认研究人员的GO注释，并为农业研究人员提供一个在线机制来提交GO注释请求。
Analysis of functional genomics (transcriptomics and proteomics) datasets is hindered in agricultural species because agricultural genome sequences have relatively poor structural and functional annotation. To facilitate systems biology in these species we have established the curated, web-accessible, public resource ‘AgBase’ (). We have improved the structural annotation of agriculturally important genomes by experimentally confirming the in vivo expression of electronically predicted proteins and by proteogenomic mapping. Proteogenomic data are available from the AgBase proteogenomics link. We contribute Gene Ontology (GO) annotations and we provide a two tier system of GO annotations for users. The ‘GO Consortium’ gene association file contains the most rigorous GO annotations based solely on experimental data. The ‘Community’ gene association file contains GO annotations based on expert community knowledge (annotations based directly from author statements and submitted annotations from the community) and annotations for predicted proteins. We have developed two tools for proteomics analysis and these are freely available on request. A suite of tools for analyzing functional genomics datasets using the GO is available online at the AgBase site. We encourage and publicly acknowledge GO annotations from researchers and provide an online mechanism for agricultural researchers to submit requests for GO annotations.
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使用证据内容在文本中找到基因组本体术语。
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