CScape: a tool for predicting oncogenic single-point mutations in the cancer genome.
CScape: a tool for predicting oncogenic single-point mutations in the cancer genome.
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DOI：
10.1038/s41598-017-11746-4
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发表时间：
2017-09-14
影响因子：
4.6
通讯作者：
Campbell C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rogers MF;Shihab HA;Gaunt TR;Campbell C
对于基因组编码区和非编码区的体细胞点突变，我们提出了CScape，一种用于预测突变是癌症驱动因素的可能性的综合分类器。通过对体细胞突变的测试，CScape往往优于其他方法，在编码区达到91%的平衡准确度，在非编码区达到70%，而使用阈值来分离高置信度预测可以实现更高的准确度。阳性预测倾向于聚集在基因组区域，因此我们应用统计方法来分离癌症基因组的编码和非编码区域，这些区域似乎富含高置信度预测的疾病驱动因素。预测和软件可在http://CScape.biocompute.org.uk/上获得。
For somatic point mutations in coding and non-coding regions of the genome, we propose CScape, an integrative classifier for predicting the likelihood that mutations are cancer drivers. Tested on somatic mutations, CScape tends to outperform alternative methods, reaching 91% balanced accuracy in coding regions and 70% in non-coding regions, while even higher accuracy may be achieved using thresholds to isolate high-confidence predictions. Positive predictions tend to cluster in genomic regions, so we apply a statistical approach to isolate coding and non-coding regions of the cancer genome that appear enriched for high-confidence predicted disease-drivers. Predictions and software are available at http://CScape.biocompute.org.uk/.
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