Exome sequencing and digital PCR analyses reveal novel mutated genes related to the metastasis of pancreatic ductal adenocarcinoma
Exome sequencing and digital PCR analyses reveal novel mutated genes related to the metastasis of pancreatic ductal adenocarcinoma
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外显子组测序和数字 PCR 分析揭示与胰腺导管腺癌转移相关的新突变基因
DOI：
10.4161/cbt.20839
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发表时间：
2012-08
影响因子：
3.6
通讯作者：
赵玉沛
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
赵玉沛
胰腺导管腺癌（Pancreatic ductal adenocarcinoma， PDAC）是最严重的恶性肿瘤之一，由于其广泛的转移，死亡率高达94%以上。为了找出与PDAC转移相关的体细胞突变基因，我们使用密集的外显子组捕获测序分析（> 170x覆盖）分析了诊断为肝转移性PDAC患者的匹配肿瘤和正常组织样本。为了寻找驱动转移克隆扩增的体细胞突变，我们在转移性肿瘤中发现了12个具有高等位基因频率（AFs）的功能突变基因，包括已知的转移基因KRAS和TP53。在10个候选基因中，6个（ADRB1、DCLK1、KCNH2、NOP14、SIGLEC1和ZC3H7A）与KRAS和TP53聚集在一个与癌症发展相关的单一网络中（p值= 1 × 10−22）。此外，这些候选基因在PDAC组织中表现出异常表达，并对胰腺癌细胞系的迁移、增殖和集落形成能力产生功能影响。此外，通过数字PCR分析，我们揭示了转移性肿瘤中KRAS和TP53突变的潜在基因组机制。综上所述，我们的研究显示了这种个性化基因组图谱为PDAC转移提供新的生物学见解的可能性。
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is one of the most malignant cancers with more than 94% mortality rate mainly due to the widespread metastases. To find out the somatically mutated genes related to the metastasis of PDAC, we analyzed the matched tumor and normal tissue samples from a patient diagnosed with liver metastatic PDAC using intensive exome capture-sequencing analysis (> 170× coverage). Searching for the somatic mutations that drive the clonal expansion of metastasis, we identified 12 genes with higher allele frequencies (AFs) of functional mutations in the metastatic tumor, including known genes KRAS and TP53 for metastasis. Of the 10 candidate genes, 6 (ADRB1, DCLK1, KCNH2, NOP14, SIGLEC1, and ZC3H7A), together with KRAS and TP53, were clustered into a single network (p value = 1 × 10−22) that is related to cancer development. Moreover, these candidate genes showed abnormal expression in PDAC tissues and functional impacts on the migration, proliferation, and colony formation abilities of pancreatic cancer cell lines. Furthermore, through digital PCR analysis, we revealed potential genomic mechanisms for the KRAS and TP53 mutations in the metastatic tumor. Taken together, our study shows the possibility for such personalized genomic profiling to provide new biological insight into the metastasis of PDAC.
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DOI：
10.1891/9780826121646.0002
发表时间：
2018-09
期刊：
Cancer Rehabilitation
影响因子：
--
作者：
K. Miller;R. Siegel;R. Khan;A. Jemal
通讯作者：
K. Miller;R. Siegel;R. Khan;A. Jemal
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
2.3
作者：
James, Edward;Waldron-Lynch, Maeve G.;Saif, Muhammad Wasif
通讯作者：
Saif, Muhammad Wasif
DOI：
10.1007/bf02796382
发表时间：
2007
期刊：
In Vitro Cellular & Developmental Biology - Plant
影响因子：
--
作者：
W. H. Chen;J. Horoszewicz;S. Leong;T. Shimano;R. Penetrante;W. H. Sanders;R. Berjian;H. Douglass
通讯作者：
W. H. Chen;J. Horoszewicz;S. Leong;T. Shimano;R. Penetrante;W. H. Sanders;R. Berjian;H. Douglass
影响因子：
11.2
作者：
A. Kyriazis;W. McCombs;A. Sandberg;A. A. Kyriazis-A.;N. Sloane;R. Lepera
通讯作者：
A. Kyriazis;W. McCombs;A. Sandberg;A. A. Kyriazis-A.;N. Sloane;R. Lepera