BatMeth: improved mapper for bisulfite sequencing reads on DNA methylation.
BatMeth: improved mapper for bisulfite sequencing reads on DNA methylation.
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DOI：
10.1186/gb-2012-13-10-r82
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发表时间：
2012-10-03
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Sung WK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lim JQ;Tennakoon C;Li G;Wong E;Ruan Y;Wei CL;Sung WK
DNA甲基化在高等生物中起着至关重要的作用。将亚硫酸氢盐处理与下一代测序相结合，使得能够询问基因组中的5-甲基胞嘧啶位点。然而，亚硫酸氢盐转化在读数和参考基因组之间引入错配，这使得Illumina和SOLiD读数的映射缓慢且不准确。BatMeth是一种算法，它集成了新颖的不匹配计数，列表过滤，不匹配阶段过滤和快速映射到两个索引组件，以提高唯一映射率，速度和精度。实验结果表明，BatMeth比现有的工具更快，更准确。BatMeth可在http://code.google.com/p/batmeth/上免费获得。
DNA methylation plays a crucial role in higher organisms. Coupling bisulfite treatment with next generation sequencing enables the interrogation of 5-methylcytosine sites in the genome. However, bisulfite conversion introduces mismatches between the reads and the reference genome, which makes mapping of Illumina and SOLiD reads slow and inaccurate. BatMeth is an algorithm that integrates novel Mismatch Counting, List Filtering, Mismatch Stage Filtering and Fast Mapping onto Two Indexes components to improve unique mapping rate, speed and precision. Experimental results show that BatMeth is faster and more accurate than existing tools. BatMeth is freely available at http://code.google.com/p/batmeth/.
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影响因子：
5.8
作者：
Kreck, Benjamin;Marnellos, George;Franke, Andre
通讯作者：
Franke, Andre
影响因子：
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作者：
KARP, RM;RABIN, MO
通讯作者：
RABIN, MO
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp533
发表时间：
2009-11-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Smith AD;Chung WY;Hodges E;Kendall J;Hannon G;Hicks J;Xuan Z;Zhang MQ
通讯作者：
Zhang MQ
DOI：
10.1038/nrg2719
发表时间：
2010-03
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
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作者：
LI, E;BEARD, C;JAENISCH, R
通讯作者：
JAENISCH, R