Efficient recovery of the RNA-bound proteome and protein-bound transcriptome using phase separation (OOPS).
Efficient recovery of the RNA-bound proteome and protein-bound transcriptome using phase separation (OOPS).
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DOI：
10.1038/s41596-020-0344-2
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发表时间：
2020-08
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Lilley KS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Villanueva E;Smith T;Queiroz RML;Monti M;Pizzinga M;Elzek M;Dezi V;Harvey RF;Ramakrishna M;Willis AE;Lilley KS
RNA-蛋白质相互作用在细胞稳态和疾病中发挥着关键作用，但目前研究它们的方法需要大量起始材料，仅支持恢复一部分 RNA 物种，或者复杂且耗时。我们最近开发了正交有机相分离 (OOPS)：一种快速、高效且可重复的方法，用于以公正的方式纯化交联 RNA-蛋白质加合物。 OOPS 避免了分子标记或聚腺苷酸化 RNA 的捕获。相反，它基于对标准 TRIzol 提取物的界面进行采样，以富集 RNA 结合蛋白 (RBP) 及其同源结合 RNA。 OOPS 特异性是通过用 RNase 或蛋白酶消化富集的界面以分别释放 RBP 或蛋白质结合的 RNA 来实现的。在这里，我们提出了从同一样品中纯化蛋白质-RNA 加合物、游离蛋白质和游离 RNA 的分步方案。我们进一步描述了 OOPS 如何应用于人类细胞系、拟南芥、粟酒裂殖酵母和大肠杆菌，以及如何将其用于研究 RBP 动力学。
RNA-protein interactions play a pivotal role in cell homeostasis and disease, but current approaches to study them require a considerable amount of starting material, favor the recovery of only a subset of RNA species or are complex and time-consuming. We recently developed orthogonal organic phase separation (OOPS): a quick, efficient and reproducible method to purify cross-linked RNA-protein adducts in an unbiased way. OOPS avoids molecular tagging or the capture of polyadenylated RNA. Instead, it is based on sampling the interface of a standard TRIzol extraction to enrich RNA-binding proteins (RBPs) and their cognate bound RNA. OOPS specificity is achieved by digesting the enriched interfaces with RNases or proteases to release the RBPs or protein-bound RNA, respectively. Here we present a step-by-step protocol to purify protein-RNA adducts, free protein and free RNA from the same sample. We further describe how OOPS can be applied in human cell lines, Arabidopsis thaliana, Schizosaccharomyces pombe and Escherichia coli and how it can be used to study RBP dynamics.
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神经退行性疾病中的RNA结合蛋白：TDP-43及以后。
影响因子：
7.3
作者：
Hanson, Keith A.;Kim, Sang Hwa;Tibbetts, Randal S.
通讯作者：
Tibbetts, Randal S.
DOI：
10.1002/wrna.1465
发表时间：
2018-05
期刊：
Wiley interdisciplinary reviews. RNA
影响因子：
--
作者：
Harvey RF;Smith TS;Mulroney T;Queiroz RML;Pizzinga M;Dezi V;Villenueva E;Ramakrishna M;Lilley KS;Willis AE
通讯作者：
Willis AE
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
3.5
作者：
Rossoll, W;Kröning, AK;Sendtner, M
通讯作者：
Sendtner, M
影响因子：
64.5
作者：
Castello, Alfredo;Fischer, Bernd;Hentze, Matthias W.
通讯作者：
Hentze, Matthias W.