Systematic analysis of the effects of the DNA damage response network in telomere defective budding yeast
Systematic analysis of the effects of the DNA damage response network in telomere defective budding yeast
复制标题
端粒缺陷芽殖酵母 DNA 损伤反应网络影响的系统分析
DOI：
10.1101/101253
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Holstein E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Holstein E
功能性端粒对真核生物的遗传稳定性至关重要。芽殖酵母是一种强大的模式生物的遗传分析和酵母端粒是维持非常相似的机制，以人类端粒。已知许多蛋白质和途径影响端粒功能。在这里，我们报告了一系列相关的全基因组遗传相互作用的屏幕上进行芽殖酵母细胞与急性或慢性端粒缺陷。我们研究了Cdc 13和Stn 1缺陷细胞中的遗传相互作用，影响CST的两个组成部分，CST是一种结合端粒DNA的单链DNA（ssDNA）结合复合物。我们研究了Rfa 3缺陷细胞中的遗传相互作用，影响主要的ssDNA结合蛋白RPA，RPA在端粒与CST具有重叠的功能。我们还研究了缺乏EXO 1或RAD 9的细胞中的遗传相互作用，影响acdc 13 - 1背景下DNA损伤反应的不同方面。通过比较数据集的适应性特征，我们可以建立对不同类型功能失调的端粒的特定反应的图片。我们的研究结果表明，端粒缺陷没有普遍的反应。为了帮助其他人处理大量数据，我们通过两个基于Web的交互式工具提供数据：Profilyzer和DIXY。在众多的遗传交互作用中，我们发现chk 1 Δ突变对cdc 13 -1 exo 1 Δ细胞的适应性的改善作用大于其他检查点突变（ddc 1 Δ，rad 9 Δ，rad 17 Δ，rad 24 Δ），而在cdc 13 - 1 exo 1 Δ细胞中，所有检查点突变的效果相似。我们发现，Chk 1刺激切除有缺陷的端粒，揭示了一个新的作用Chk 1在真核DNA损伤反应网络。
Functional telomeres are critically important to eukaryotic genetic stability. Budding yeast is a powerful model organism for genetic analysis and yeast telomeres are maintained by very similar mechanisms to human telomeres. Scores of proteins and pathways are known to affect telomere function. Here, we report a series of related genome-wide genetic interaction screens performed on budding yeast cells with acute or chronic telomere defects. We examined genetic interactions in cells defective in Cdc13 and Stn1, affecting two components of CST, a single stranded DNA (ssDNA) binding complex that binds telomeric DNA. We investigated genetic interactions in cells with defects in Rfa3, affecting the major ssDNA binding protein, RPA, which has overlapping functions with CST at telomeres. We also examined genetic interactions in cells lackingEXO1orRAD9,affecting different aspects of the DNA damage response in acdc13-1background. Comparing fitness profiles across the data sets allows us build up a picture of the specific responses to different types of dysfunctional telomeres. Our results show that there is no universal response to telomere defects. To help others engage with the large volumes of data we make the data available via two interactive web-based tools: Profilyzer and DIXY. Among numerous genetic interactions we found thechk1Δ mutation improved fitness ofcdc13-1 exo1Δ cells more than other checkpoint mutations (ddc1Δ,rad9Δ,rad17Δ,rad24Δ), whereas incdc13-1cells the effects of all checkpoint mutations were similar. We find that Chk1 stimulates resection at defective telomeres, revealing a new role for Chk1 in the eukaryotic DNA damage response network.
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--
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11.4
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