The effects of Arabidopsis genome duplication on the chromatin organization and transcriptional regulation
The effects of Arabidopsis genome duplication on the chromatin organization and transcriptional regulation
复制标题
拟南芥基因组复制对染色质组织和转录调控的影响
DOI：
10.1093/nar/gkz511
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发表时间：
2019-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yuda Fang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hui Zhang;Ruiqin Zheng;Yunlong Wang;Yu Zhang;Ping Hong;Yaping Fang;Guoliang Li;Yuda Fang
自多倍体在高等植物中广泛存在，对农业产量和品质具有重要意义。然而，基因组复制对植物染色质组织和转录调控的影响在很大程度上是未知的。利用高通量染色体构象捕获技术（High-throughput Chromosome构象Capture， Hi-C），研究人员发现，与二倍体相比，同源四倍体拟南芥具有更多的染色体间相互作用和更少的短程染色质相互作用。此外，基因组复制导致了一些松散和紧凑结构域的切换，改变了H3K4me3和H3K27me3组蛋白修饰状态。在同源四倍体拟南芥中鉴定出539个基因的转录和染色质相互作用发生改变。特别是，我们发现基因组复制改变了开花位点c的染色质环和H3K27me3组蛋白修饰。我们提出基因组加倍通过改变染色质相互作用来调节全基因组的转录，并通过改变染色质环和组蛋白修饰来调节特定位点的转录。
Abstract Autopolyploidy is widespread in higher plants and important for agricultural yield and quality. However, the effects of genome duplication on the chromatin organization and transcriptional regulation are largely unknown in plants. Using High-throughput Chromosome Conformation Capture (Hi-C), we showed that autotetraploid Arabidopsis presented more inter-chromosomal interactions and fewer short-range chromatin interactions compared with its diploid progenitor. In addition, genome duplication contributed to the switching of some loose and compact structure domains with altered H3K4me3 and H3K27me3 histone modification status. 539 genes were identified with altered transcriptions and chromatin interactions in autotetraploid Arabidopsis. Especially, we found that genome duplication changed chromatin looping and H3K27me3 histone modification in Flowering Locus C. We propose that genome doubling modulates the transcription genome-wide by changed chromatin interactions and at the specific locus by altered chromatin loops and histone modifications.
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DOI：
10.1016/b978-0-12-809633-8.20106-4
发表时间：
2020-02
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
A. Prjibelski;Anton I. Korobeynikov;Alla L. Lapidus
通讯作者：
A. Prjibelski;Anton I. Korobeynikov;Alla L. Lapidus
DOI：
10.1007/s11240-016-1006-5
发表时间：
2016-05
期刊：
Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC)
影响因子：
--
作者：
Maja Orzechowska;Sylwia Gurdek;D. Siwińska;Anna Piekarska-Stachowiak
通讯作者：
Maja Orzechowska;Sylwia Gurdek;D. Siwińska;Anna Piekarska-Stachowiak
影响因子：
14.8
作者：
Saleh, Abdelaty;Alvarez-Venegas, Raul;Avramova, Zoya
通讯作者：
Avramova, Zoya
DOI：
10.1186/1748-7188-9-14
发表时间：
2014
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Filippova D;Patro R;Duggal G;Kingsford C
通讯作者：
Kingsford C
小鼠基因组的空间组织及其在复发性染色体易位中的作用。
影响因子：
64.5
作者：
Zhang Y;McCord RP;Ho YJ;Lajoie BR;Hildebrand DG;Simon AC;Becker MS;Alt FW;Dekker J
通讯作者：
Dekker J