Benchmark Force Fields for the Molecular Dynamic Simulation of G-Quadruplexes.
Benchmark Force Fields for the Molecular Dynamic Simulation of G-Quadruplexes.
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DOI：
10.3390/molecules26175379
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发表时间：
2021-09-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhu T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li N;Gao Y;Qiu F;Zhu T
G-四链体作为一种潜在的抗癌靶点及其在材料科学中的应用引起了广泛的关注。分子动力学模拟是研究GQ结构与功能关系的重要理论工具。本文从结构稳定性、中心离子通道稳定性、Hoogsteen氢键网络描述和主链二面角描述四个方面，系统地对parmbsc 0、parmbsc 1、OL 15、AMOEBA和Drude 2017五种力场在G-quadruplex分子动力学模拟上进行了基准测试。结果表明，德鲁德力场的综合性能最好。虽然可能存在一定的过极化效应，但它仍然是G-四链体分子动力学模拟的最佳选择。
G-quadruplexes have drawn widespread attention for serving as a potential anti-cancer target and their application in material science. Molecular dynamics (MD) simulation is the key theoretical tool in the study of GQ’s structure-function relationship. In this article, we systematically benchmarked the five force fields of parmbsc0, parmbsc1, OL15, AMOEBA, and Drude2017 on the MD simulation of G-quadruplex from four aspects: structural stability, central ion channel stability, description of Hoogsteen hydrogen bond network, and description of the main chain dihedral angle. The results show that the overall performance of the Drude force field is the best. Although there may be a certain over-polarization effect, it is still the best choice for the MD simulation of G-quadruplexes.
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DOI：
10.1038/nrg3296
发表时间：
2012-11
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
2.9
作者：
HARDIN, CC;WATSON, T;BAILEY, C
通讯作者：
BAILEY, C
G-四链体折叠和稳定性中的金属阳离子。
影响因子：
5.5
作者：
Bhattacharyya D;Mirihana Arachchilage G;Basu S
通讯作者：
Basu S
影响因子：
5.5
作者：
Hart, Katarina;Foloppe, Nicolas;Baker, Christopher M.;Denning, Elizabeth J.;Nilsson, Lennart;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
16.2
作者：
Hollingsworth SA;Dror RO
通讯作者：
Dror RO