Gene-specific criteria for PTEN variant curation: Recommendations from the ClinGen PTEN Expert Panel.
Gene-specific criteria for PTEN variant curation: Recommendations from the ClinGen PTEN Expert Panel.
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DOI：
10.1002/humu.23636
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发表时间：
2018-11
期刊：
影响因子：
3.9
通讯作者：
Eng C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mester JL;Ghosh R;Pesaran T;Huether R;Karam R;Hruska KS;Costa HA;Lachlan K;Ngeow J;Barnholtz-Sloan J;Sesock K;Hernandez F;Zhang L;Milko L;Plon SE;Hegde M;Eng C
ClinGen PTEN 专家小组由 ClinGen 遗传性癌症临床领域工作组组织，汇集具有 PTEN 专业知识的临床医生、研究人员和分子诊断专家，制定 2015 ACMG/AMP 序列变异解释指南的 PTEN 变异解释规范。我们描述了最终的 PTEN 特异性变异分类标准以及对 42 个具有良性/可能良性 (BEN/LBEN)、致病/可能致病 (PATH/LPATH)、不确定意义 (VUS) 和冲突 (CONF) ClinVar 断言的变异进行初步测试的结果。利用这些规则，14/15 (93.3%) BEN/LBEN 和 16/16 (100%) PATH/LPATH ClinVar 共识变体实现了与 ClinVar 断言一致的分类，总体一致性为 96.8% (30/31)。未达成一致的变体是剪接供体附近的同义变体，具有非规范序列，在计算机模型中无法预测其天然位点。将这些规则应用于六个 VUS 和五个 CONF 变体，添加共享的内部实验室数据，使一个 VUS 能够被分类为 LBEN，两个 CONF 变体被分类为 PATH 和 LPATH。这项研究强调了基因特异性标准的好处以及共享内部实验室数据以进行变异解释的价值。我们的 PTEN 特定标准和经过专业审查的断言应该对实验室和其他策划 PTEN 变体的人有帮助。
The ClinGen PTEN Expert Panel was organized by the ClinGen Hereditary Cancer Clinical Domain Working Group to assemble clinicians, researchers, and molecular diagnosticians with PTEN expertise to develop specifications to the 2015 ACMG/AMP Sequence Variant Interpretation Guidelines for PTEN variant interpretation. We describe finalized PTEN-specific variant classification criteria and outcomes from pilot testing of 42 variants with benign/likely benign (BEN/LBEN), pathogenic/likely pathogenic (PATH/LPATH), uncertain significance (VUS), and conflicting (CONF) ClinVar assertions. Utilizing these rules, classifications concordant with ClinVar assertions were achieved for 14/15 (93.3%) BEN/LBEN and 16/16 (100%) PATH/LPATH ClinVar consensus variants for an overall concordance of 96.8% (30/31). The variant where agreement was not reached was a synonymous variant near a splice donor with non-canonical sequence for which in silico models cannot predict the native site. Applying these rules to six VUS and five CONF variants, adding shared internal laboratory data enabled one VUS to be classified as LBEN and two CONF variants to be as classified as PATH and LPATH. This study highlights the benefit of gene-specific criteria and the value of sharing internal laboratory data for variant interpretation. Our PTEN-specific criteria and expertly reviewed assertions should prove helpful for laboratories and others curating PTEN variants.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
14.9
作者：
Desmet FO;Hamroun D;Lalande M;Collod-Béroud G;Claustres M;Béroud C
通讯作者：
Béroud C
面板基因测试对遗传性乳腺癌和卵巢癌对患者的影响。
影响因子：
1.9
作者：
Lumish HS;Steinfeld H;Koval C;Russo D;Levinson E;Wynn J;Duong J;Chung WK
通讯作者：
Chung WK
影响因子：
3.9
作者：
Chen HJ;Romigh T;Sesock K;Eng C
通讯作者：
Eng C
影响因子：
3.5
作者：
Lobo GP;Waite KA;Planchon SM;Romigh T;Nassif NT;Eng C
通讯作者：
Eng C