Extensive tissue-specific expression variation and novel regulators underlying circadian behavior.
Extensive tissue-specific expression variation and novel regulators underlying circadian behavior.
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DOI：
10.1126/sciadv.abc3781
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发表时间：
2021-01
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
Deplancke B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Litovchenko M;Meireles-Filho ACA;Frochaux MV;Bevers RPJ;Prunotto A;Anduaga AM;Hollis B;Gardeux V;Braman VS;Russeil JMC;Kadener S;Dal Peraro M;Deplancke B
一个数据集的>700个组织特异性转录组的D。揭示了种群水平的分子生物钟变化。自然遗传变异影响整个进化树的昼夜节律，但其潜在的分子机制知之甚少。我们通过产生超过700个黑腹果蝇（w1118）和141个果蝇遗传参考组（DGRP）系的组织特异性转录组来研究群体水平的分子生物钟变化。这个全面的昼夜节律基因表达图谱包含超过1700个循环基因，包括以前未知的中央昼夜节律钟组件和组织特异性调节因子。此外，>30%的DGRP系表现出异常的昼夜节律基因表达，揭示了丰富的遗传变异介导的组织间昼夜节律表达差异。遗传分析的最强偏离昼夜节律表达的一条线发现了一种新的cry突变，如蛋白质结构建模和脑免疫组织化学所示，破坏了光驱动的黄素腺嘌呤二核苷酸辅因子光还原，为这种保守的光夹带机制的重要性提供了体内支持。总之，我们的研究揭示了普遍的组织特异性昼夜节律表达变异，遗传变异作用于组织特异性调控网络，产生局部基因表达振荡。
A dataset of >700 tissue-specific transcriptomes of D. melanogaster reveals population-level molecular circadian clock variation. Natural genetic variation affects circadian rhythms across the evolutionary tree, but the underlying molecular mechanisms are poorly understood. We investigated population-level, molecular circadian clock variation by generating >700 tissue-specific transcriptomes of Drosophila melanogaster (w1118) and 141 Drosophila Genetic Reference Panel (DGRP) lines. This comprehensive circadian gene expression atlas contains >1700 cycling genes including previously unknown central circadian clock components and tissue-specific regulators. Furthermore, >30% of DGRP lines exhibited aberrant circadian gene expression, revealing abundant genetic variation–mediated, intertissue circadian expression desynchrony. Genetic analysis of one line with the strongest deviating circadian expression uncovered a novel cry mutation that, as shown by protein structural modeling and brain immunohistochemistry, disrupts the light-driven flavin adenine dinucleotide cofactor photoreduction, providing in vivo support for the importance of this conserved photoentrainment mechanism. Together, our study revealed pervasive tissue-specific circadian expression variation with genetic variants acting upon tissue-specific regulatory networks to generate local gene expression oscillations.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
3.7
作者：
Chang MW;Ayeni C;Breuer S;Torbett BE
通讯作者：
Torbett BE
影响因子：
3.7
作者：
Donelson NC;Kim EZ;Slawson JB;Vecsey CG;Huber R;Griffith LC
通讯作者：
Griffith LC
DOI：
10.1523/jneurosci.2688-09.2010
发表时间：
2010-04-28
期刊：
The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
影响因子：
--
作者：
Blanchard FJ;Collins B;Cyran SA;Hancock DH;Taylor MV;Blau J
通讯作者：
Blau J
影响因子：
64.5
作者：
Bellen HJ;Yamamoto S
通讯作者：
Yamamoto S