Discovery of widespread GTP-binding motifs in genomic DNA and RNA.
Discovery of widespread GTP-binding motifs in genomic DNA and RNA.
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DOI：
10.1016/j.chembiol.2013.02.015
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发表时间：
2013-04-18
影响因子：
--
通讯作者：
Liu DR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Curtis EA;Liu DR
结合小分子的生物rna参与了多种调控和催化过程。受这些例子的启发，我们使用体外选择来搜索天然存在的GTP适配体的基因组编码RNA片段池。鉴定了几种适体，包括一种具有G-四重结构的适体（“G基序”）。进一步分析表明，大多数RNA和DNA g -四联体结合GTP。真核生物中含有丰富的G基序，人类基因组包含约75000个解离常数与真核细胞的GTP浓度相当（约300µM）。g -四联体在多种细胞过程中发挥作用，我们的发现提出了GTP可能在这些元素的功能中发挥作用的可能性。与这种可能性相一致的是，几类调节性g -四联体的序列要求与GTP结合的序列要求相似。
Biological RNAs that bind small-molecules have been implicated in a variety of regulatory and catalytic processes. Inspired by these examples, we used in vitro selection to search a pool of genomeencoded RNA fragments for naturally occurring GTP aptamers. Several classes of aptamers were identified, including one ("the G motif") with a G-quadruplex structure. Further analysis revealed that most RNA and DNA G-quadruplexes bind GTP. The G motif is abundant in eukaryotes, and the human genome contains ∼75,000 examples with dissociation constants comparable to the GTP concentration of a eukaryotic cell (∼300 µM). G-quadruplexes play roles in diverse cellular processes, and our findings raise the possibility that GTP may play a role in the function of these elements. Consistent with this possibility, the sequence requirements of several classes of regulatory G-quadruplexes parallel those of GTP binding.
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