Chromatin and Transcriptional Response to Loss of TBX1 in Early Differentiation of Mouse Cells.
Chromatin and Transcriptional Response to Loss of TBX1 in Early Differentiation of Mouse Cells.
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DOI：
10.3389/fcell.2020.571501
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发表时间：
2020
影响因子：
5.5
通讯作者：
Baldini A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cirino A;Aurigemma I;Franzese M;Lania G;Righelli D;Ferrentino R;Illingworth E;Angelini C;Baldini A
T-box转录因子TBX 1在心咽谱系中具有关键作用，并且该基因在DiGeorge综合征中是单倍不足的，DiGeorge综合征是咽器官的典型发育异常。尽管近二十年的研究，TBX 1功能是否以及如何触发染色质重塑尚不清楚。在这里，我们探讨了Tbx 1功能丧失的两个独立的细胞模型，小鼠胚胎癌细胞P19 Cl 6和小鼠胚胎干细胞（mESC）的全基因组基因表达和染色质重塑。我们的研究结果表明，TBX 1的丢失或敲低引起广泛的转录变化，其中一些是细胞类型特异性的，一些是两种模型之间的共同点。然而，出乎意料的是，我们在两个系统中仅观察到有限的染色质变化。在P19 C16细胞中，差异可及区域（DARs）不富含T-BOX结合基序;相反，在mESC中，34%（n = 47）的所有DARs包括T-BOX结合基序，并且几乎所有DARs在Tbx 1-/-细胞中获得可及性。总之，尽管我们的细胞模型在早期细胞分化中对TBX 1的丢失有明确的转录反应，但染色质的变化相对温和。
The T-box transcription factor TBX1 has critical roles in the cardiopharyngeal lineage and the gene is haploinsufficient in DiGeorge syndrome, a typical developmental anomaly of the pharyngeal apparatus. Despite almost two decades of research, if and how TBX1 function triggers chromatin remodeling is not known. Here, we explored genome-wide gene expression and chromatin remodeling in two independent cellular models of Tbx1 loss of function, mouse embryonic carcinoma cells P19Cl6, and mouse embryonic stem cells (mESCs). The results of our study revealed that the loss or knockdown of TBX1 caused extensive transcriptional changes, some of which were cell type-specific, some were in common between the two models. However, unexpectedly we observed only limited chromatin changes in both systems. In P19Cl6 cells, differentially accessible regions (DARs) were not enriched in T-BOX binding motifs; in contrast, in mESCs, 34% (n = 47) of all DARs included a T-BOX binding motif and almost all of them gained accessibility in Tbx1–/– cells. In conclusion, despite a clear transcriptional response of our cell models to loss of TBX1 in early cell differentiation, chromatin changes were relatively modest.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
16
作者：
Calo, Eliezer;Wysocka, Joanna
通讯作者：
Wysocka, Joanna
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
4.4
作者：
Shen L;Shao N;Liu X;Nestler E
通讯作者：
Nestler E