GPCRdb in 2021: integrating GPCR sequence, structure and function.
GPCRdb in 2021: integrating GPCR sequence, structure and function.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa1080
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gloriam DE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kooistra AJ;Mordalski S;Pándy-Szekeres G;Esguerra M;Mamyrbekov A;Munk C;Keserű GM;Gloriam DE
G蛋白偶联受体（GPCR）是最大的膜蛋白家族和药物靶点，介导三分之一的药物作用。GPCR数据库GPCRdb每月为超过4000名研究人员提供服务，并提供参考数据，分析自己或文献数据，实验设计和发布已发表的数据集。在这里，我们描述了新的和更新的GPCRdb资源，特别关注序列，结构和功能的整合。GPCRdb包含所有人类非嗅觉GPCR（和> 27000个直系同源物）、G蛋白和抑制蛋白。它包括超过2000种药物和试验药物以及近200000种具有活性和可用性数据的配体。GPCRdb注释了所有已发表的GPCR结构（每月更新），也提供了改进版本（重新建模的缺失/扭曲区域和回复突变），并提供了所有人类非嗅觉受体在非活性，中间和活性状态下的结构模型。GPCRdb中的突变数据涵盖天然遗传变异、GPCR-G蛋白界面、配体位点和热稳定突变。增加了一种新的序列特征工具，用于识别功能性残基决定簇，并更新了两种数据驱动工具，用于设计配体位点突变和结构测定构建体，扩展了其受体和修饰的覆盖范围。GPCRdb可在https://gpcrdb.org上获得。
G protein-coupled receptors (GPCRs) form both the largest family of membrane proteins and drug targets, mediating the action of one-third of medicines. The GPCR database, GPCRdb serves >4 000 researchers every month and offers reference data, analysis of own or literature data, experiment design and dissemination of published datasets. Here, we describe new and updated GPCRdb resources with a particular focus on integration of sequence, structure and function. GPCRdb contains all human non-olfactory GPCRs (and >27 000 orthologs), G-proteins and arrestins. It includes over 2 000 drug and in-trial agents and nearly 200 000 ligands with activity and availability data. GPCRdb annotates all published GPCR structures (updated monthly), which are also offered in a refined version (with re-modeled missing/distorted regions and reverted mutations) and provides structure models of all human non-olfactory receptors in inactive, intermediate and active states. Mutagenesis data in the GPCRdb spans natural genetic variants, GPCR-G protein interfaces, ligand sites and thermostabilising mutations. A new sequence signature tool for identification of functional residue determinants has been added and two data driven tools to design ligand site mutations and constructs for structure determination have been updated extending their coverage of receptors and modifications. The GPCRdb is available at https://gpcrdb.org.
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影响因子：
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作者：
Davies M;Nowotka M;Papadatos G;Dedman N;Gaulton A;Atkinson F;Bellis L;Overington JP
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影响因子：
14.9
作者：
Kooistra AJ;Mordalski S;Pándy-Szekeres G;Esguerra M;Mamyrbekov A;Munk C;Keserű GM;Gloriam DE
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Munk C;Isberg V;Mordalski S;Harpsøe K;Rataj K;Hauser AS;Kolb P;Bojarski AJ;Vriend G;Gloriam DE
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