LNCediting: a database for functional effects of RNA editing in lncRNAs.
LNCediting: a database for functional effects of RNA editing in lncRNAs.
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LNCediting：lncRNA 中 RNA 编辑功能效应的数据库
DOI：
10.1093/nar/gkw835
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Han L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gong J;Liu C;Liu W;Xiang Y;Diao L;Guo AY;Han L
RNA编辑是一种广泛存在的转录后机制，它可以改变RNA转录物中特定核苷酸序列的单个碱基。RNA编辑事件可导致mRNA中错义密码子的改变和选择性剪接的调节，以及非编码RNA中调控RNA及其结合位点的修饰。最近的计算研究从下一代测序（NGS）中准确地检测到超过200万个A-to-I RNA编辑位点。然而，这些RNA编辑位点绝大多数都具有未知的功能，并且位于基因组的非编码区域。为了提供RNA编辑在长链非编码RNA （lncRNAs）中的功能效应的有用资源，我们系统地分析了人类、恒河猴、小鼠和苍蝇的lncRNAs中的a - To - i编辑位点，并观察到相当数量的RNA编辑位点可以显著影响lncRNAs的二级结构和lncRNA-miRNA相互作用。所有的数据都被编译到一个用户友好的数据库lncedit （http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/）中。lncrna编辑提供了定制的工具来预测lncrna中新的编辑位点的功能影响。我们希望它能成为探索lncRNAs中RNA编辑位点功能的重要资源。
RNA editing is a widespread post-transcriptional mechanism that can make a single base change on specific nucleotide sequence in an RNA transcript. RNA editing events can result in missense codon changes and modulation of alternative splicing in mRNA, and modification of regulatory RNAs and their binding sites in noncoding RNAs. Recent computational studies accurately detected more than 2 million A-to-I RNA editing sites from next-generation sequencing (NGS). However, the vast majority of these RNA editing sites have unknown functions and are in noncoding regions of the genome. To provide a useful resource for the functional effects of RNA editing in long noncoding RNAs (lncRNAs), we systematically analyzed the A-to-I editing sites in lncRNAs across human, rhesus, mouse, and fly, and observed an appreciable number of RNA editing sites which can significantly impact the secondary structures of lncRNAs and lncRNA–miRNA interactions. All the data were compiled into LNCediting, a user-friendly database (http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/). LNCediting provides customized tools to predict functional effects of novel editing sites in lncRNAs. We hope that it will become an important resource for exploring functions of RNA editing sites in lncRNAs.
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