Using genome-wide expression compendia to study microorganisms.
Using genome-wide expression compendia to study microorganisms.
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DOI：
10.1016/j.csbj.2022.08.012
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发表时间：
2022
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6
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基因表达纲要是从出于不同目的收集的数据中收集的基因表达实验的异质集合。样品间广泛变化的实验条件和遗传背景为获得影响表型的转录反应的系统水平理解创造了巨大的机会。实验设计的多样性对于研究微生物特别重要，其中转录反应整合了许多信号，并表现出跨菌株的可塑性，包括对可用营养素和存在微生物的反应。高通量检测技术的发展使许多微生物的药典构建成为可能。在这篇综述中，我们将讨论如何构建和分析这些纲要，以揭示转录模式。
A gene expression compendium is a heterogeneous collection of gene expression experiments assembled from data collected for diverse purposes. The widely varied experimental conditions and genetic backgrounds across samples creates a tremendous opportunity for gaining a systems level understanding of the transcriptional responses that influence phenotypes. Variety in experimental design is particularly important for studying microbes, where the transcriptional responses integrate many signals and demonstrate plasticity across strains including response to what nutrients are available and what microbes are present. Advances in high-throughput measurement technology have made it feasible to construct compendia for many microbes. In this review we discuss how these compendia are constructed and analyzed to reveal transcriptional patterns.
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影响因子：
2.9
作者：
Albuquerque P;Casadevall A
通讯作者：
Casadevall A
影响因子：
3.7
作者：
Espín-Pérez A;Portier C;Chadeau-Hyam M;van Veldhoven K;Kleinjans JCS;de Kok TMCM
通讯作者：
de Kok TMCM
影响因子：
9.9
作者：
Arrieta-Ortiz ML;Hafemeister C;Bate AR;Chu T;Greenfield A;Shuster B;Barry SN;Gallitto M;Liu B;Kacmarczyk T;Santoriello F;Chen J;Rodrigues CD;Sato T;Rudner DZ;Driks A;Bonneau R;Eichenberger P
通讯作者：
Eichenberger P
影响因子：
14.9
作者：
Faith JJ;Driscoll ME;Fusaro VA;Cosgrove EJ;Hayete B;Juhn FS;Schneider SJ;Gardner TS
通讯作者：
Gardner TS
影响因子：
6.4
作者：
Abisado RG;Benomar S;Klaus JR;Dandekar AA;Chandler JR
通讯作者：
Chandler JR