Bioinformatic characterisation of the effector repertoire of the strawberry pathogen Phytophthora cactorum
Bioinformatic characterisation of the effector repertoire of the strawberry pathogen Phytophthora cactorum
复制标题
草莓病原菌疫霉效应子库的生物信息学特征
DOI：
10.1101/321141
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Armitage A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Armitage A
恶疫霉（Phytophthora cactorum）是草莓冠腐病的主要病原菌。我们报告了从草莓中分离的P.cactorum分离株10300的基因组草图。我们的分析表明，在基因组中存在大量编码推定的分泌效应物的基因，包括近200个含有RxLR结构域的效应物，77个Crinklers（CRN），分为38个家族，以及许多质外体效应物，如植物毒素（PcF蛋白）和坏死诱导蛋白。与其他Phytophthorasspecies一样，许多RxLR和CRN基因的基因组环境与核心真核基因不同，这是双速基因组的标志。结果表明，致病疫霉1a和1c进化枝的毒力基因Avr1、Avr3b、Avr4、Avrblb 1和AvrSmira 2与已知的致病疫霉毒力基因Avr1、Avr3b、Avr4、Avrblb 1和AvrSmira 2具有同源性，表明致病疫霉1a和1c进化枝的毒力效应子序列具有保守性。已鉴定的恶疫霉基因组序列和相关注释代表了在来自进化枝1的其他疫霉属物种中发现无毒基因的综合资源，并且将促进在其他作物中的效应子知情的育种策略。
The oomycete pathogenPhytophthora cactorumcauses crown rot, a major disease of cultivated strawberry. We report the draft genome ofP.cactorumisolate 10300, isolated from symptomaticFragariaxananassatissue. Our analysis revealed that there are a large number of genes encoding putative secreted effectors in the genome, including nearly 200 RxLR domain containing effectors, 77 Crinklers (CRN) grouped into 38 families, and numerous apoplastic effectors, such as phytotoxins (PcF proteins) and necrosis inducing proteins. As in otherPhytophthoraspecies, the genomic environment of many RxLR and CRN genes differed from core eukaryotic genes, a hallmark of the two-speed genome. We found genes homologous to knownPhytophthora infestansavirulence genes includingAvr1,Avr3b,Avr4,Avrblb1andAvrSmira2indicating effector sequence conservation betweenPhytophthoraspecies of clade 1a and clade 1c. The reportedP.cactorumgenome sequence and associated annotations represent a comprehensive resource for avirulence gene discovery in other Phytophthora species from clade 1 and, will facilitate effector informed breeding strategies in other crops.
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