Pseudogene.org: a comprehensive database and comparison platform for pseudogene annotation.
Pseudogene.org: a comprehensive database and comparison platform for pseudogene annotation.
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DOI：
10.1093/nar/gkl851
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gerstein M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karro JE;Yan Y;Zheng D;Zhang Z;Carriero N;Cayting P;Harrrison P;Gerstein M
Pseudene.org知识库是伪基因注释的综合储存库。假基因的定义在文献中各不相同，导致了对识别问题的显著不同的方法。因此，很难保持有效利用假基因所必需的一致的详细假基因收集。我们的数据库就是为解决这个问题而设计的。它集成了各种不同的资源，并支持一个子集结构，该结构突出了研究界感兴趣的特定伪基因组。提供了比较集合和创建分层集合联合的工具，使研究人员能够得出当前的假基因的“共识”集合。其他功能包括通用搜索、与其他数据库的强大交互能力、重建数据库的较旧版本的能力(考虑到基因组构建的变化)以及为具有最低编程知识的研究人员设计的面向对象的底层界面。目前，该数据库包含了100多个跨越原核生物的 -000假基因和11个真核生物基因组，其中包括来自16个来源的人类注释集合。
The Pseudogene.org knowledgebase serves as a comprehensive repository for pseudogene annotation. The definition of a pseudogene varies within the literature, resulting in significantly different approaches to the problem of identification. Consequently, it is difficult to maintain a consistent collection of pseudogenes in detail necessary for their effective use. Our database is designed to address this issue. It integrates a variety of heterogeneous resources and supports a subset structure that highlights specific groups of pseudogenes that are of interest to the research community. Tools are provided for the comparison of sets and the creation of layered set unions, enabling researchers to derive a current ‘consensus’ set of pseudogenes. Additional features include versatile search, the capacity for robust interaction with other databases, the ability to reconstruct older versions of the database (accounting for changing genome builds) and an underlying object-oriented interface designed for researchers with a minimal knowledge of programming. At the present time, the database contains more than 100 000 pseudogenes spanning 64 prokaryote and 11 eukaryote genomes, including a collection of human annotations compiled from 16 sources.
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影响因子：
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作者：
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