Omicron SARS-CoV-2 variant: Unique features and their impact on pre-existing antibodies.
Omicron SARS-CoV-2 variant: Unique features and their impact on pre-existing antibodies.
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DOI：
10.1016/j.jaut.2021.102779
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发表时间：
2022-01
影响因子：
12.8
通讯作者：
Singh K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kannan SR;Spratt AN;Sharma K;Chand HS;Byrareddy SN;Singh K
严重急性呼吸道冠状病毒（SARS-CoV-2）自2019年12月初首次出现以来，一直以不同变体的形式出现。最近报告了一种名为Omicron变体（B.1.1.529）的新关注变体（VOC）。该变体在S蛋白中具有大量突变。迄今为止，关于Omicron变体的信息有限。在这里，我们提出了突变分布的分析，Omicron与以前的变体的进化关系，以及突变对抗体结合的可能结构影响。我们的分析表明，存在46个高流行率的突变，具体到Omicron。其中23个位于刺突蛋白（S）内，其余位于病毒的其他3种结构蛋白（包膜蛋白（E）、膜蛋白（M）和核衣壳蛋白（N））。系统发育分析表明，Omicron与Gamma（P.1）变体密切相关。结构分析表明，几个突变定位于S蛋白的区域，S蛋白是抗体的主要靶标，这表明Omicron变体中的突变可能影响抗体与S蛋白的结合亲和力。
Severe Acute Respiratory Coronavirus (SARS-CoV-2) has been emerging in the form of different variants since its first emergence in early December 2019. A new Variant of Concern (VOC) named the Omicron variant (B.1.1.529) was reported recently. This variant has a large number of mutations in the S protein. To date, there exists a limited information on the Omicron variant. Here we present the analyses of mutation distribution, the evolutionary relationship of Omicron with previous variants, and probable structural impact of mutations on antibody binding. Our analyses show the presence of 46 high prevalence mutations specific to Omicron. Twenty-three of these are localized within the spike (S) protein and the rest localized to the other 3 structural proteins of the virus, the envelope (E), membrane (M), and nucleocapsid (N). Phylogenetic analysis showed that the Omicron is closely related to the Gamma (P.1) variant. The structural analyses showed that several mutations are localized to the region of the S protein that is the major target of antibodies, suggesting that the mutations in the Omicron variant may affect the binding affinities of antibodies to the S protein.
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