Efficient double fragmentation ChIP-seq provides nucleotide resolution protein-DNA binding profiles.
Efficient double fragmentation ChIP-seq provides nucleotide resolution protein-DNA binding profiles.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0015092
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发表时间：
2010-11-30
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Cuppen E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mokry M;Hatzis P;de Bruijn E;Koster J;Versteeg R;Schuijers J;van de Wetering M;Guryev V;Clevers H;Cuppen E
免疫沉淀的交联蛋白-DNA 片段的大小通常为数百到数千个碱基对，其中染色质的很大一部分比下一代测序 (NGS) 程序的最佳长度长得多。因为这些较大的片段可能是非随机的，并且代表了可能会被遗漏的相关生物学，而且因为它们代表了免疫沉淀材料的很大一部分，所以我们设计了双片段 ChIP-seq 程序。常规交联和免疫沉淀后，染色质被去交联并再次剪切，以将片段浓缩在 NGS 的最佳大小范围内。除了提高染色质产量的好处外，该程序还消除了费力的尺寸选择步骤。我们证明，双片段 ChIP-seq 方法可以从亚纳克量的 TCF7L2/TCF4、TBP 和 H3K4me3 免疫沉淀材料中生成生物学相关的全基因组蛋白质-DNA 结合谱。尽管针对 AB/SOLiD 平台进行了优化，但相同的方法也可以应用于其他平台。
Immunoprecipitated crosslinked protein-DNA fragments typically range in size from several hundred to several thousand base pairs, with a significant part of chromatin being much longer than the optimal length for next-generation sequencing (NGS) procedures. Because these larger fragments may be non-random and represent relevant biology that may otherwise be missed, but also because they represent a significant fraction of the immunoprecipitated material, we designed a double-fragmentation ChIP-seq procedure. After conventional crosslinking and immunoprecipitation, chromatin is de-crosslinked and sheared a second time to concentrate fragments in the optimal size range for NGS. Besides the benefits of increased chromatin yields, the procedure also eliminates a laborious size-selection step. We show that the double-fragmentation ChIP-seq approach allows for the generation of biologically relevant genome-wide protein-DNA binding profiles from sub-nanogram amounts of TCF7L2/TCF4, TBP and H3K4me3 immunoprecipitated material. Although optimized for the AB/SOLiD platform, the same approach may be applied to other platforms.
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