Discovery through the computational microscope.
Discovery through the computational microscope.
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DOI：
10.1016/j.str.2009.09.001
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发表时间：
2009-10-14
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schulten K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee EH;Hsin J;Sotomayor M;Comellas G;Schulten K
全原子分子动力学模拟作为研究蛋白质功能和动力学的一种工具，已经变得越来越流行。然而，研究人员担心模拟所涵盖的时间尺度很短，显然不可能模拟大型和完整的生物分子系统，以及分子动力学方法的实际预测能力。在这里，我们回顾了在过去的激烈争议和认为关键的成功，即主要是机械功能的蛋白质（肌联蛋白，纤维蛋白原，锚蛋白，钙粘蛋白）的模拟。所涵盖的模拟工作显示了最先进的建模如何消除了一些先前的担忧，以及如何通过“计算显微镜”进行无可辩驳的发现。
All-atom molecular dynamics simulations have become increasingly popular as a tool to investigate protein function and dynamics. However, researchers are concerned about the short time scales covered by simulations, the apparent impossibility to model large and integral biomolecular systems, and the actual predictive power of the molecular dynamics methodology. Here we review simulations that were in the past both hotly disputed and considered key successes, namely of proteins with mainly mechanical functions (titin, fibrinogen, ankyrin, and cadherin). The simulation work covered shows how state-of-the-art modeling alleviates some of the prior concerns, and how unrefuted discoveries are made through the “computational microscope".
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DOI：
10.1073/pnas.0806085105
发表时间：
2008-10-14
影响因子：
11.1
作者：
Dudko, Olga K.;Hummer, Gerhard;Szabo, Attila
通讯作者：
Szabo, Attila
DOI：
10.1002/prot.340170405
发表时间：
1993-12-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
BORK, P
通讯作者：
BORK, P
影响因子：
3.4
作者：
Cailliez, Fabien;Lavery, Richard
通讯作者：
Lavery, Richard
影响因子：
56.9
作者：
Cluzel, P;Lebrun, A;Caron, F
通讯作者：
Caron, F
DOI：
10.1073/pnas.96.7.3694
发表时间：
1999-03-30
影响因子：
11.1
作者：
Carrion-Vazquez, M;Oberhauser, AF;Fernandez, JM
通讯作者：
Fernandez, JM