Improvement of shotgun proteomics in the negative mode by carbamylation of peptides and ultraviolet photodissociation mass spectrometry.
Improvement of shotgun proteomics in the negative mode by carbamylation of peptides and ultraviolet photodissociation mass spectrometry.
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DOI：
10.1021/ac5035314
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发表时间：
2014-12-16
影响因子：
7.4
通讯作者：
Brodbelt, Jennifer S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Greer, Sylvester M.;Cannon, Joe R.;Brodbelt, Jennifer S.
尽管酸性肽构成了许多蛋白质组的很大一部分，但它们在正极性电喷雾电离 (ESI) 过程中电离效率较低，阻碍了它们在自下而上的质谱工作流程中的检测。我们实施了基于氨甲酰化的衍生策略，将碱性胺位点（Lys、N 末端）转化为碱性较低的酰胺，以增强负模式下的分析。紫外线光解 (UVPD) 用于分析所得的肽阴离子，如在高通量液相色谱/串联质谱 (LC/MS/MS) 模式下对来自牛血清白蛋白和盐杆菌的胰蛋白酶肽的证明。与阴性模式下分析的未修饰消化物相比，氨甲酰化 H. salinarum 消化物的 LC/UVPD-MS 鉴定的肽段增加了 45%，蛋白质增加了 25%。
Although acidic peptides compose a substantial portion of many proteomes, their less efficient ionization during positive polarity electrospray ionization (ESI) impedes their detection in bottom-up mass spectrometry workflows. We have implemented a derivatization strategy based on carbamylation which converts basic amine sites (Lys, N-termini) to less basic amides for enhanced analysis in the negative mode. Ultraviolet photodissociation (UVPD) is used to analyze the resulting peptide anions, as demonstrated for tryptic peptides from bovine serum albumin and Halobacterium salinarum in a high throughput liquid chromatography/tandem mass spectrometry (LC/MS/MS) mode. LC/UVPD-MS of a carbamylated H. salinarum digest resulted in 45% more identified peptides and 25% more proteins compared to the unmodified digest analyzed in the negative mode.
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DOI：
10.1074/mcp.m112.023754
发表时间：
2013-06
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
Gunaratne J;Schmidt A;Quandt A;Neo SP;Saraç OS;Gracia T;Loguercio S;Ahrné E;Xia RL;Tan KH;Lössner C;Bähler J;Beyer A;Blackstock W;Aebersold R
通讯作者：
Aebersold R
影响因子：
4
作者：
Henderson JC;Fage CD;Cannon JR;Brodbelt JS;Keatinge-Clay AT;Trent MS
通讯作者：
Trent MS
影响因子：
7.4
作者：
Konermann, Lars;Ahadi, Elias;Vahidi, Siavash
通讯作者：
Vahidi, Siavash
影响因子：
3.4
作者：
Madsen, James A.;Kaoud, Tamer S.;Dalby, Kevin N.;Brodbelt, Jennifer S.
通讯作者：
Brodbelt, Jennifer S.
DOI：
10.1007/s13361-012-0424-9
发表时间：
2012-10
影响因子：
3.2
作者：
Shaw, Jared B.;Madsen, James A.;Xu, Hua;Brodbelt, Jennifer S.
通讯作者：
Brodbelt, Jennifer S.