ChimerDB--a knowledgebase for fusion sequences.
ChimerDB--a knowledgebase for fusion sequences.
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ChimerDB——融合序列知识库。
DOI：
10.1093/nar/gkj019
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim N;Kim P;Nam S;Shin S;Lee S
染色体易位和基因融合是人类基因组中的常见事件，并且通常是许多类型肿瘤的原因。ChimerDB是融合序列的数据库，包括GenBank中mRNA和表达序列标签（EST）序列的生物信息学分析、文献数据的人工收集以及与其他已知数据库（如OMIM）的整合。我们的生物信息学分析鉴定了在多个基因组位点具有非重叠比对的融合转录物。选择外显子-外显子边界处的融合事件以过滤cDNA文库制备中的克隆伪影。结果分为两类：真正的染色体易位和基因间剪接引起的相邻基因间的融合。我们还整合了人工收集的文献和染色体易位的OMIM数据，以帮助评估每个融合事件的有效性。人类、小鼠和大鼠基因组的数据库可在.
Chromosome translocation and gene fusion are frequent events in the human genome and are often the cause of many types of tumor. ChimerDB is the database of fusion sequences encompassing bioinformatics analysis of mRNA and expressed sequence tag (EST) sequences in the GenBank, manual collection of literature data and integration with other known database such as OMIM. Our bioinformatics analysis identifies the fusion transcripts that have non-overlapping alignments at multiple genomic loci. Fusion events at exon–exon borders are selected to filter out the cloning artifacts in cDNA library preparation. The result is classified into two groups—genuine chromosome translocation and fusion between neighboring genes owing to intergenic splicing. We also integrated manually collected literature and OMIM data for chromosome translocation as an aid to assess the validity of each fusion event. The database is available at for human, mouse and rat genomes.
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影响因子：
8.8
作者：
Bamford, S;Dawson, E;Forbes, S;Clements, J;Pettett, R;Dogan, A;Flanagan, A;Teague, J;Futreal, PA;Stratton, MR;Wooster, R
通讯作者：
Wooster, R
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
56.9
作者：
Schrock, E;duManoir, S;Ried, T
通讯作者：
Ried, T
影响因子：
3.7
作者：
Knutsen, T;Gobu, V;Ried, T
通讯作者：
Ried, T
影响因子：
14.9
作者：
Romani, A;Guerra, E;Alberti, S
通讯作者：
Alberti, S