Controlled vocabularies and ontologies in proteomics: overview, principles and practice.
Controlled vocabularies and ontologies in proteomics: overview, principles and practice.
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蛋白质组学中的受控词汇和本体论：概述，原理和实践。
DOI：
10.1016/j.bbapap.2013.02.017
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发表时间：
2014-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Eisenacher M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mayer G;Jones AR;Binz PA;Deutsch EW;Orchard S;Montecchi-Palazzi L;Vizcaíno JA;Hermjakob H;Oveillero D;Julian R;Stephan C;Meyer HE;Eisenacher M
本文主要关注受控词汇表(CV)和本体的使用，特别是在蛋白质组学领域，主要与蛋白质组学标准倡议(PSI)的工作有关。它描述了相关的蛋白质组学标准格式和其中使用的本体论。还讨论了用于处理这些本体文件的软件和工具。本文还检查了用于确保PSI标准中的正确受控词汇表以及满足MIAPE(关于蛋白质组学实验的最小信息)要求的“映射文件”。这篇文章是题为：后鉴定时代的计算蛋白质组学特刊的一部分。客座编辑：马丁·艾森纳赫和克里斯蒂安·斯蒂芬。►使用本体进行语义标注是实现语义网的前提。►定义了一套基于XML语言的蛋白质组学标准格式。►这些标准格式允许引用在OBO文件中定义的CV术语。►CV术语可用于执行数据文件的MIAPE合规性。►质谱学简历在社区流程中不断维护。
This paper focuses on the use of controlled vocabularies (CVs) and ontologies especially in the area of proteomics, primarily related to the work of the Proteomics Standards Initiative (PSI). It describes the relevant proteomics standard formats and the ontologies used within them. Software and tools for working with these ontology files are also discussed. The article also examines the “mapping files” used to ensure correct controlled vocabulary terms that are placed within PSI standards and the fulfillment of the MIAPE (Minimum Information about a Proteomics Experiment) requirements. This article is part of a Special Issue entitled: Computational Proteomics in the Post-Identification Era. Guest Editors: Martin Eisenacher and Christian Stephan. ► The semantic annotation using ontologies is a prerequisite for the semantic web. ► The HUPO-PSI defined a set of XML-based standard formats for proteomics. ► These standard formats allow the referencing of CV terms defined in obo files. ► The CV terms can be used to enforce MIAPE compliance of the data files. ► The mass spectrometry CV is constantly maintained in a community process.
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