Computational tools and resources for prediction and analysis of gene regulatory regions in the chick genome.
Computational tools and resources for prediction and analysis of gene regulatory regions in the chick genome.
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DOI：
10.1002/dvg.22375
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发表时间：
2013-05
期刊：
影响因子：
1.5
通讯作者：
Stern, Claudio D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khan, Mohsin A. F.;Soto-Jimenez, Luz Mayela;Howe, Timothy;Streit, Andrea;Sosinsky, Alona;Stern, Claudio D.
关键词：
顺式调控元件的发现是生物信息学中一个具有挑战性的问题，由于这些元件在控制基因调控中的远端位置和上下文特异性作用。在这里，我们回顾了目前的生物信息学方法和资源，可用于系统地发现鸡基因组中的顺式作用调控元件和保守的转录因子结合位点。此外，我们提出并提供了一种使用计算工具的新型工作流程，该工作流程集成了CTCF分析以预测推定的绝缘子元件、增强子预测和TFBS分析。为了证明这种计算工作流程的有用性，我们然后用它来分析基因Sox 2的基因座，其发育表达已知由一系列复杂的顺式作用调控元件控制。工作流程准确地预测了大多数经过实验验证的元素，其中沿着一些元素尚未被发现。可从http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/mkhan1980/ctcf_analysis访问CTCF工具的网络版本以及使用工作流程的说明。对于该工具的本地安装，补充材料中名为“code”的目录中提供了相关的Perl脚本和说明。
The discovery of cis-regulatory elements is a challenging problem in bioinformatics, owing to distal locations and context-specific roles of these elements in controlling gene regulation. Here we review the current bioinformatics methodologies and resources available for systematic discovery of cis-acting regulatory elements and conserved transcription factor binding sites in the chick genome. In addition, we propose and make available, a novel workflow using computational tools that integrate CTCF analysis to predict putative insulator elements, enhancer prediction and TFBS analysis. To demonstrate the usefulness of this computational workflow, we then use it to analyze the locus of the gene Sox2 whose developmental expression is known to be controlled by a complex array of cis-acting regulatory elements. The workflow accurately predicts most of the experimentally verified elements along with some that have not yet been discovered. A web version of the CTCF tool, together with instructions for using the workflow can be accessed from http://toolshed.g2.bx.psu.edu/view/mkhan1980/ctcf_analysis. For local installation of the tool, relevant Perl scripts and instructions are provided in the directory named “code” in the supplementary materials.
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影响因子：
14.9
作者：
Dreszer TR;Karolchik D;Zweig AS;Hinrichs AS;Raney BJ;Kuhn RM;Meyer LR;Wong M;Sloan CA;Rosenbloom KR;Roe G;Rhead B;Pohl A;Malladi VS;Li CH;Learned K;Kirkup V;Hsu F;Harte RA;Guruvadoo L;Goldman M;Giardine BM;Fujita PA;Diekhans M;Cline MS;Clawson H;Barber GP;Haussler D;James Kent W
通讯作者：
James Kent W
DOI：
10.1073/pnas.1018279108
发表时间：
2011-05-03
影响因子：
11.1
作者：
Kim, Yoon Jung;Cecchini, Katharine R.;Kim, Tae Hoon
通讯作者：
Kim, Tae Hoon
影响因子：
5.8
作者：
Loots, Gabriela;Ovcharenko, Ivan
通讯作者：
Ovcharenko, Ivan
影响因子：
14.9
作者：
Brudno, Michael;Poliakov, Alexander;Dubchak, Inna
通讯作者：
Dubchak, Inna
影响因子：
3
作者：
Chan, BY;Kibler, D
通讯作者：
Kibler, D