The dynamics of DNA methylation fidelity during mouse embryonic stem cell self-renewal and differentiation.
The dynamics of DNA methylation fidelity during mouse embryonic stem cell self-renewal and differentiation.
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小鼠胚胎干细胞自我更新和分化过程中DNA甲基化保真度的动态变化
DOI：
10.1101/gr.163147.113
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发表时间：
2014-08
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Xie H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhao L;Sun MA;Li Z;Bai X;Yu M;Wang M;Liang L;Shao X;Arnovitz S;Wang Q;He C;Lu X;Chen J;Xie H
DNA甲基化模式通过细胞分裂的忠实传递对于子细胞保持适当的细胞身份至关重要。为了实现对甲基化保真度的全面评估，我们实施了基因组规模的发夹亚硫酸氢盐测序方法，以同时生成DNA双链的甲基化数据。我们在这里表明，甲基化保真度在小鼠胚胎干细胞（mESCs）分化过程中全球范围内增加，特别是在活跃表达基因的启动子区域，并与活性组蛋白修饰标记和转录因子的结合呈正相关。大多数中等（40%-60%）甲基化的CpG二核苷酸是半甲基化的，并且具有低甲基化保真度，特别是在分化中的mESC中。虽然5-hmC和5-mC倾向于共存，但5-hmC水平与甲基化保真度之间没有显著相关性。我们的发现可能为我们对甲基化变异起源和DNA甲基化传递机制的理解提供新的线索。
The faithful transmission of DNA methylation patterns through cell divisions is essential for the daughter cells to retain a proper cell identity. To achieve a comprehensive assessment of methylation fidelity, we implemented a genome-scale hairpin bisulfite sequencing approach to generate methylation data for DNA double strands simultaneously. We show here that methylation fidelity increases globally during differentiation of mouse embryonic stem cells (mESCs), and is particularly high in the promoter regions of actively expressed genes and positively correlated with active histone modification marks and binding of transcription factors. The majority of intermediately (40%–60%) methylated CpG dinucleotides are hemi-methylated and have low methylation fidelity, particularly in the differentiating mESCs. While 5-hmC and 5-mC tend to coexist, there is no significant correlation between 5-hmC levels and methylation fidelity. Our findings may shed new light on our understanding of the origins of methylation variations and the mechanisms underlying DNA methylation transmission.
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DOI：
10.1126/science.1229277
发表时间：
2013-01-25
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hackett JA;Sengupta R;Zylicz JJ;Murakami K;Lee C;Down TA;Surani MA
通讯作者：
Surani MA
根据双链甲基化模式对人类 DNA 甲基转移酶的体内特性进行统计推断。
影响因子：
3.7
作者：
Fu AQ;Genereux DP;Stöger R;Burden AF;Laird CD;Stephens M
通讯作者：
Stephens M
影响因子：
56.9
作者：
Humpherys, D;Eggan, K;Jaenisch, R
通讯作者：
Jaenisch, R
影响因子：
64.5
作者：
Guenther, Matthew G.;Levine, Stuart S.;Young, Richard A.
通讯作者：
Young, Richard A.
影响因子：
64.8
作者：
Hark, AT;Schoenherr, CJ;Tilghman, SM
通讯作者：
Tilghman, SM