Identification of candidate genes associated with porcine meat color traits by genome-wide transcriptome analysis.
Identification of candidate genes associated with porcine meat color traits by genome-wide transcriptome analysis.
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通过全基因组转录组分析鉴定与猪肉颜色性状相关的候选基因
DOI：
10.1038/srep35224
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发表时间：
2016-10-17
影响因子：
4.6
通讯作者：
Liu H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li B;Dong C;Li P;Ren Z;Wang H;Yu F;Ning C;Liu K;Wei W;Huang R;Chen J;Wu W;Liu H
肉色被认为是肉质最重要的指标，然而，与肉色相关性状的分子机制仍然是未知的。本研究构建了6个肉色差异明显的股二头肌（Biceps femoris，Bf）和比目鱼（Sol）的cDNA文库，并利用高通量测序技术分析了Bf（白色肌）和Sol（红色肌）的全基因组差异，以阐明肉色的分子基础。利用DEseq2方法，我们在Bf和Sol之间鉴定了138个差异表达基因（DEG）。使用DEGseq方法，我们在三只单独的动物中比较Bf和Sol时鉴定了770、810和476个DEG。在这些DEG中，有52个DEG重叠。利用这些数据，我们确定了丰富的GO术语，代谢途径和候选基因与肉色性状。此外，通过与猪数量性状基因座（QTL）数据库的比较分析，我们将114个非冗余DEG定位到肉色QTL上。总的来说，我们的数据作为一个有价值的资源，用于识别基因的功能是至关重要的肉色性状，并可以加速肉色形成的分子机制的研究。
Meat color is considered to be the most important indicator of meat quality, however, the molecular mechanisms underlying traits related to meat color remain mostly unknown. In this study, to elucidate the molecular basis of meat color, we constructed six cDNA libraries frombiceps femoris(Bf) andsoleus(Sol), which exhibit obvious differences in meat color, and analyzed the whole-transcriptome differences between Bf (white muscle) and Sol (red muscle) using high-throughput sequencing technology. Using DEseq2 method, we identified 138 differentially expressed genes (DEGs) between Bf and Sol. Using DEGseq method, we identified 770, 810, and 476 DEGs in comparisons between Bf and Sol in three separate animals. Of these DEGs, 52 were overlapping DEGs. Using these data, we determined the enriched GO terms, metabolic pathways and candidate genes associated with meat color traits. Additionally, we mapped 114 non-redundant DEGs to the meat color QTLs via a comparative analysis with the porcine quantitative trait loci (QTL) database. Overall, our data serve as a valuable resource for identifying genes whose functions are critical for meat color traits and can accelerate studies of the molecular mechanisms of meat color formation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
7.1
作者：
Joo, S. T.;Kim, G. D.;Ryu, Y. C.
通讯作者：
Ryu, Y. C.
影响因子：
56.9
作者：
FUJII, J;OTSU, K;MACLENNAN, DH
通讯作者：
MACLENNAN, DH
影响因子：
2.5
作者：
Malek, M;Dekkers, JCM;Rothschild, MF
通讯作者：
Rothschild, MF
影响因子：
56.9
作者：
Milan, D;Jeon, JT;Andersson, L
通讯作者：
Andersson, L