ParameciumDB in 2011: new tools and new data for functional and comparative genomics of the model ciliate Paramecium tetraurelia.
ParameciumDB in 2011: new tools and new data for functional and comparative genomics of the model ciliate Paramecium tetraurelia.
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2011 年草履虫数据库：用于纤毛虫草履虫模型功能和比较基因组学的新工具和新数据。
DOI：
10.1093/nar/gkq918
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sperling L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arnaiz O;Sperling L
草履虫数据库是一个用GMOD工具包建立的群落模式生物数据库，用于整合纤毛虫草履虫的基因组和生物学。在过去的四年里，来自蛋白质组和转录组研究的后基因组数据与33个物种的预测同源基因、社区的注释和科学文献的出版物一起被纳入。可用的工具包括用于复杂查询的BioMart，用于基因组浏览的GBrowse2，用于基因模型专家精选的Apollo基因组编辑器，BLAST服务器，基序查找器，以及用于协议、命名指南和其他文档的维基。已经开发了用于本体浏览和非目标RNAi匹配评估的内部工具。现在已经为下一代深度测序数据和其他草履虫物种的基因组做好了准备，这个开放获取的资源可以在http://paramecium.cgm.cnrs-gif.fr.上获得
ParameciumDB is a community model organism database built with the GMOD toolkit to integrate the genome and biology of the ciliate Paramecium tetraurelia. Over the last four years, post-genomic data from proteome and transcriptome studies has been incorporated along with predicted orthologs in 33 species, annotations from the community and publications from the scientific literature. Available tools include BioMart for complex queries, GBrowse2 for genome browsing, the Apollo genome editor for expert curation of gene models, a Blast server, a motif finder, and a wiki for protocols, nomenclature guidelines and other documentation. In-house tools have been developed for ontology browsing and evaluation of off-target RNAi matches. Now ready for next-generation deep sequencing data and the genomes of other Paramecium species, this open-access resource is available at http://paramecium.cgm.cnrs-gif.fr.
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DOI：
10.1073/pnas.0712248105
发表时间：
2008-03-04
影响因子：
11.1
作者：
Martens, Cindy;Vandepoele, Klaas;Van de Peer, Yves
通讯作者：
Van de Peer, Yves
影响因子：
64.8
作者：
Aury, Jean-Marc;Jaillon, Olivier;Wincker, Patrick
通讯作者：
Wincker, Patrick
影响因子：
3.5
作者：
Bemm, Felix;Schwarz, Roland;Schultz, Joerg
通讯作者：
Schultz, Joerg
影响因子：
--
作者：
Laligne, C.;Klotz, C.;Koll, F.
通讯作者：
Koll, F.
DOI：
10.1093/database/bap022
发表时间：
2009
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Arnaiz O;Malinowska A;Klotz C;Sperling L;Dadlez M;Koll F;Cohen J
通讯作者：
Cohen J