LncRNA2Target: a database for differentially expressed genes after lncRNA knockdown or overexpression.
LncRNA2Target: a database for differentially expressed genes after lncRNA knockdown or overexpression.
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lncRNA2Target：lncRNA敲低或过表达后差异表达基因的数据库
DOI：
10.1093/nar/gku1173
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发表时间：
2015-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang Q;Wang J;Wu X;Ma R;Zhang T;Jin S;Han Z;Tan R;Peng J;Liu G;Li Y;Wang Y
长链非编码RNA（lncRNA）已成为表观遗传、转录和转录后水平基因的重要调控因子，但具体哪些基因受特定lncRNA的调控仍有待研究。为了评估lncRNA对基因表达的影响，越来越多的研究人员分析了敲低或过表达lncRNA后全基因组或个体基因表达水平的变化。在本文中，我们描述了一个名为LncRNA 2 Target的策展数据库，其存储lncRNA-to-target基因，并且可以在http://www.lncrna2target.org上公开访问。如果基因在lncRNA敲低或过表达后差异表达，则认为该基因是lncRNA的靶标。LncRNA 2 Target提供了一个网络界面，用户可以通过该界面搜索特定lncRNA的靶标或靶向特定基因的lncRNA。这两种搜索类型都是通过浏览所提供的lncRNA名称目录或在搜索框中插入lncRNA/靶基因ID/名称来执行的。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) have emerged as critical regulators of genes at epigenetic, transcriptional and post-transcriptional levels, yet what genes are regulated by a specific lncRNA remains to be characterized. To assess the effects of the lncRNA on gene expression, an increasing number of researchers profiled the genome-wide or individual gene expression level change after knocking down or overexpressing the lncRNA. Herein, we describe a curated database named LncRNA2Target, which stores lncRNA-to-target genes and is publicly accessible at http://www.lncrna2target.org. A gene was considered as a target of a lncRNA if it is differentially expressed after the lncRNA knockdown or overexpression. LncRNA2Target provides a web interface through which its users can search for the targets of a particular lncRNA or for the lncRNAs that target a particular gene. Both search types are performed either by browsing a provided catalog of lncRNA names or by inserting lncRNA/target gene IDs/names in a search box.
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