Predicting double-strand DNA breaks using epigenome marks or DNA at kilobase resolution.
Predicting double-strand DNA breaks using epigenome marks or DNA at kilobase resolution.
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DOI：
10.1186/s13059-018-1411-7
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发表时间：
2018-03-15
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Cuvier O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mourad R;Ginalski K;Legube G;Cuvier O
双链断裂 (DSB) 是由于多种来源（包括辐射和化学物质）对两条 DNA 链的攻击造成的。 DSB 可导致与癌症相关的异常染色体重排。最近的技术可以在全基因组范围内以高分辨率绘制 DSB 图谱，从而能够对其起源进行全面研究。然而，这些技术成本高昂且具有挑战性。因此，我们设计了一种使用表观基因组和染色质背景来预测 DSB 的计算方法，可以从 ENCODE 项目轻松获得公共数据。我们在高分辨率下实现了出色的预测精度。我们将染色质可及性、活性和长距离接触确定为最佳预测因子。本文的在线版本 (10.1186/s13059-018-1411-7) 包含补充材料，可供授权用户使用。
Double-strand breaks (DSBs) result from the attack of both DNA strands by multiple sources, including radiation and chemicals. DSBs can cause the abnormal chromosomal rearrangements associated with cancer. Recent techniques allow the genome-wide mapping of DSBs at high resolution, enabling the comprehensive study of their origins. However, these techniques are costly and challenging. Hence, we devise a computational approach to predict DSBs using the epigenomic and chromatin context, for which public data are readily available from the ENCODE project. We achieve excellent prediction accuracy at high resolution. We identify chromatin accessibility, activity, and long-range contacts as the best predictors. The online version of this article (10.1186/s13059-018-1411-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
48
作者：
Crosetto, Nicola;Mitra, Abhishek;Silva, Maria Joao;Bienko, Magda;Dojer, Norbert;Wang, Qi;Karaca, Elif;Chiarle, Roberto;Skrzypczak, Magdalena;Ginalski, Krzysztof;Pasero, Philippe;Rowicka, Maga;Dikic, Ivan
通讯作者：
Dikic, Ivan
影响因子：
7
作者：
Easwaran, Hariharan;Johnstone, Sarah E.;Baylin, Stephen B.
通讯作者：
Baylin, Stephen B.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btv735
发表时间：
2016-04-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chiu TP;Comoglio F;Zhou T;Yang L;Paro R;Rohs R
通讯作者：
Rohs R
影响因子：
16
作者：
Canela A;Sridharan S;Sciascia N;Tubbs A;Meltzer P;Sleckman BP;Nussenzweig A
通讯作者：
Nussenzweig A
影响因子：
48
作者：
Lensing, Stefanie V.;Marsico, Giovanni;Hansel-Hertsch, Robert;Lam, Enid Y.;Tannahill, David;Balasubramanian, Shankar
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar