Structure-function mapping of a heptameric module in the nuclear pore complex.
Structure-function mapping of a heptameric module in the nuclear pore complex.
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DOI：
10.1083/jcb.201109008
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发表时间：
2012-02-20
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Rout MP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fernandez-Martinez J;Phillips J;Sekedat MD;Diaz-Avalos R;Velazquez-Muriel J;Franke JD;Williams R;Stokes DL;Chait BT;Sali A;Rout MP
整合EM，蛋白质-蛋白质相互作用，和表型数据揭示了新的见解的核孔复合物的1600 kD的七聚体Nup 84复合物的结构和功能。核孔复合物（NPC）是一种多蛋白组装体，是真核细胞核质交换的唯一介质。在本文中，我们使用一个综合的方法来确定的一个重要组成部分的酵母NPC，600 kD的七聚体Nup 84复合物的结构，到一个精确的1.5 nm。亚基结构的配置是由来自一组不同的负染色电子显微镜和蛋白质结构域映射数据的空间限制的满意度。将表型数据映射到复合物上，使我们能够确定稳定NPC与核膜相互作用的区域，并将复合物连接到NPC的其余部分。我们的数据使我们能够提出Nup 84复合体是如何组装成NPC的，并提出了Nup 84复合体通过一系列基因复制和丢失事件进化的方案。这项工作表明，基于足够质量的低分辨率数据的综合方法可以在中等分辨率下生成功能信息结构。
Integration of EM, protein–protein interaction, and phenotypic data reveals novel insights into the structure and function of the nuclear pore complex’s ∼600-kD heptameric Nup84 complex. The nuclear pore complex (NPC) is a multiprotein assembly that serves as the sole mediator of nucleocytoplasmic exchange in eukaryotic cells. In this paper, we use an integrative approach to determine the structure of an essential component of the yeast NPC, the ∼600-kD heptameric Nup84 complex, to a precision of ∼1.5 nm. The configuration of the subunit structures was determined by satisfaction of spatial restraints derived from a diverse set of negative-stain electron microscopy and protein domain–mapping data. Phenotypic data were mapped onto the complex, allowing us to identify regions that stabilize the NPC’s interaction with the nuclear envelope membrane and connect the complex to the rest of the NPC. Our data allow us to suggest how the Nup84 complex is assembled into the NPC and propose a scenario for the evolution of the Nup84 complex through a series of gene duplication and loss events. This work demonstrates that integrative approaches based on low-resolution data of sufficient quality can generate functionally informative structures at intermediate resolution.
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影响因子：
9.8
作者：
Devos D;Dokudovskaya S;Alber F;Williams R;Chait BT;Sali A;Rout MP
通讯作者：
Rout MP
DOI：
10.1074/mcp.m900038-mcp200
发表时间：
2009-09
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
DeGrasse JA;DuBois KN;Devos D;Siegel TN;Sali A;Field MC;Rout MP;Chait BT
通讯作者：
Chait BT
影响因子：
56.9
作者：
CONNOLLY, ML
通讯作者：
CONNOLLY, ML
影响因子：
16
作者：
Boehmer, Thomas;Jeudy, Sandra;Schwartz, Thomas U.
通讯作者：
Schwartz, Thomas U.
DOI：
10.1073/pnas.0506345103
发表时间：
2006-02-14
影响因子：
11.1
作者：
Devos, D;Dokudovskaya, S;Sali, A
通讯作者：
Sali, A