g:Profiler--a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments.
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DOI：
10.1093/nar/gkm226
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Vilo J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Reimand J;Kull M;Peterson H;Hansen J;Vilo J
g:Profiler （http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/）是一个公共web服务器，用于描述和操纵从挖掘高通量基因组数据产生的基因列表。g:Profiler具有简单，用户友好的web界面，具有强大的可视化功能，可捕获基因本体（GO），途径或转录因子结合位点富集到单个基因水平。除了标准的多次测试修正外，还介绍了一种新的改进方法，用于估计在GO等复杂结构上多次测试的真实效果。通过非常高效的算法，从相同的接口支持解释排序的基因列表。当从高通量数据中研究受影响最显著的基因或与查询基因共表达的基因时，可能会出现这种有序列表。实际数据分析的其他重要方面由与g:Profiler紧密集成的模块提供支持。g:Convert用于在不同的数据库标识符之间进行转换；g：从其他物种中发现同源基因的北方；g:Sorter，用于搜索大量公共基因表达数据以进行共表达。g:Profiler支持31种不同的物种，底层数据定期从Ensembl数据库等来源更新。希望与g:Profiler集成的生物信息学社区可以使用其他简单的文本输出。
g:Profiler (http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/) is a public web server for characterising and manipulating gene lists resulting from mining high-throughput genomic data. g:Profiler has a simple, user-friendly web interface with powerful visualisation for capturing Gene Ontology (GO), pathway, or transcription factor binding site enrichments down to individual gene levels. Besides standard multiple testing corrections, a new improved method for estimating the true effect of multiple testing over complex structures like GO has been introduced. Interpreting ranked gene lists is supported from the same interface with very efficient algorithms. Such ordered lists may arise when studying the most significantly affected genes from high-throughput data or genes co-expressed with the query gene. Other important aspects of practical data analysis are supported by modules tightly integrated with g:Profiler. These are: g:Convert for converting between different database identifiers; g:Orth for finding orthologous genes from other species; and g:Sorter for searching a large body of public gene expression data for co-expression. g:Profiler supports 31 different species, and underlying data is updated regularly from sources like the Ensembl database. Bioinformatics communities wishing to integrate with g:Profiler can use alternative simple textual outputs.
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