ABS: a database of Annotated regulatory Binding Sites from orthologous promoters.
ABS: a database of Annotated regulatory Binding Sites from orthologous promoters.
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DOI：
10.1093/nar/gkj116
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Guigó R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blanco E;Farré D;Albà MM;Messeguer X;Guigó R
关于基因组坐标和实验确定的转录因子结合位点的序列的信息被发现分散在各种不同的格式下。这些高质量数据的标准集合的可用性对于设计、评估和改进新的计算方法以识别来自相关基因的启动子序列上的结合基序是重要的。ABS（）是一个公共数据库，包含在直系同源脊椎动物基因启动子中识别的已知结合位点，这些位点是从参考文献中手动整理的。我们已经注释了来自人、小鼠、大鼠或鸡基因组序列中的68个转录因子和100个直链靶基因的650个实验结合位点。还为每个条目提供了计算预测和启动子比对信息。一个简单易用的网络界面方便了数据检索，允许不同的信息视图。此外，ABS的1.0版还包括一个可定制的人工数据集生成器，该生成器基于集合中包含的已知站点，以及一个评估工具，用于在训练和评估基序发现程序期间提供帮助。
Information about the genomic coordinates and the sequence of experimentally identified transcription factor binding sites is found scattered under a variety of diverse formats. The availability of standard collections of such high-quality data is important to design, evaluate and improve novel computational approaches to identify binding motifs on promoter sequences from related genes. ABS () is a public database of known binding sites identified in promoters of orthologous vertebrate genes that have been manually curated from bibliography. We have annotated 650 experimental binding sites from 68 transcription factors and 100 orthologous target genes in human, mouse, rat or chicken genome sequences. Computational predictions and promoter alignment information are also provided for each entry. A simple and easy-to-use web interface facilitates data retrieval allowing different views of the information. In addition, the release 1.0 of ABS includes a customizable generator of artificial datasets based on the known sites contained in the collection and an evaluation tool to aid during the training and the assessment of motif-finding programs.
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