Coexpression reveals conserved gene programs that co-vary with cell type across kingdoms.
Coexpression reveals conserved gene programs that co-vary with cell type across kingdoms.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkac276
复制
发表时间：
2022-05-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gillis, Jesse
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crow, Megan;Suresh, Hamsini;Lee, John;Gillis, Jesse
是什么让老鼠成为老鼠，而不是仓鼠？这两种生物在基因调控上的差异起着至关重要的作用。基因共表达网络的比较分析为研究跨物种基因调控的进化提供了一个总体框架。在这里，我们比较了37个物种的共表达网络，并量化了基因活性的保守性1)作为进化时间的函数，2)跨正交预测算法，以及3)参考细胞和组织特异性。我们发现，古老的基因在多种细胞类型中表达，并具有很好的保守的共表达模式，但它们在不同类型的细胞中表达的水平不同。因此，对古老基因程序的不同调控有助于转录细胞的同一性。我们认为，这种不同的调控可能在动植物王国的细胞多样化中发挥作用。
What makes a mouse a mouse, and not a hamster? Differences in gene regulation between the two organisms play a critical role. Comparative analysis of gene coexpression networks provides a general framework for investigating the evolution of gene regulation across species. Here, we compare coexpression networks from 37 species and quantify the conservation of gene activity 1) as a function of evolutionary time, 2) across orthology prediction algorithms, and 3) with reference to cell- and tissue-specificity. We find that ancient genes are expressed in multiple cell types and have well conserved coexpression patterns, however they are expressed at different levels across cell types. Thus, differential regulation of ancient gene programs contributes to transcriptional cell identity. We propose that this differential regulation may play a role in cell diversification in both the animal and plant kingdoms.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Bruford, Elspeth A.;Lush, Michael J.;Wright, Mathew W.;Sneddon, Tam P.;Povey, Sue;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
影响因子：
6.8
作者：
Copley, RR;Schultz, J;Bork, P
通讯作者：
Bork, P
影响因子：
5.8
作者：
Ballouz, S.;Verleyen, W.;Gillis, J.
通讯作者：
Gillis, J.
影响因子：
16.6
作者：
Crow M;Paul A;Ballouz S;Huang ZJ;Gillis J
通讯作者：
Gillis J
直系同源物之间的表达上下文的全局定义是保守的，但与序列保守无关。
影响因子：
4.4
作者：
Dutilh, Bas E;Huynen, Martijn A;Snel, Berend
通讯作者：
Snel, Berend