Microbial dark matter coming to light: challenges and opportunities.
Microbial dark matter coming to light: challenges and opportunities.
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微生物暗物质的曝光：挑战与机遇
DOI：
10.1093/nsr/nwaa280
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发表时间：
2021-03
影响因子：
20.6
通讯作者：
Li WJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiao JY;Liu L;Hua ZS;Fang BZ;Zhou EM;Salam N;Hedlund BP;Li WJ
微生物是地球上最丰富、最多样化的细胞生命形式，栖息在广泛的环境生态位中。然而，99%以上的细菌和古菌物种尚未通过纯培养获得[1]，我们只看到了这个神秘微生物世界的表面。这就是所谓的微生物暗物质（MDM）：尚未培养的微生物的巨大多样性，微生物学家只能通过使用独立于培养的技术来研究。最近，一些国际项目极大地增进了我们对微生物多样性范围和分布的了解，包括全球微生物目录（GCM）、细菌和古菌基因组百科全书（GEBA）、地球微生物组计划（EMP）、细菌和古菌-微生物暗物质基因组百科全书（GEBA-MDM）和几个灵长类微生物组项目；然而，MDM 的功能多样性仍然是个谜。这一观点阐述了为什么 MDM 值得科学努力，并说明了未来研究这些谜题的挑战和机遇。
Microbes are the most abundant and diverse cellular life forms on Earth and colonize a wide range of environmental niches. However, more than 99% of bacterial and archaeal species have not been obtained in pure culture [1] and we have only glimpsed the surface of this mysterious microbial world. This is so-called Microbial Dark Matter (MDM): the enormous diversity of yet-uncultivated microbes that microbiologists can only study by using cultivation-independent techniques. Recently, a number of international projects have dramatically increased our understanding of the extent and distribution of microbial diversity, including the Global Catalogue of Microorganisms (GCM), the Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA), the EarthMicrobiome Project (EMP), the Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea-Microbial Dark Matter (GEBA-MDM) and several primate microbiome projects; however, the functional diversity of MDM is still mysterious. This perspective addresses why MDM deserves scientific effort and illustrates challenges and opportunities in the future study of these enigmas.
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影响因子：
28.3
作者：
Parks, Donovan H.;Rinke, Christian;Tyson, Gene W.
通讯作者：
Tyson, Gene W.
DOI：
10.1099/ijsem.0.004332
发表时间：
2020-11
影响因子：
2.8
作者：
Parte AC;Sardà Carbasse J;Meier-Kolthoff JP;Reimer LC;Göker M
通讯作者：
Göker M
影响因子：
11
作者：
Konstantinidis, Konstantinos T.;Rossello-Mora, Ramon;Amann, Rudolf
通讯作者：
Amann, Rudolf
影响因子：
28.3
作者：
Hug, Laura A.;Baker, Brett J.;Banfield, Jillian F.
通讯作者：
Banfield, Jillian F.
影响因子：
46.9
作者：
Bowers RM;Kyrpides NC;Stepanauskas R;Harmon-Smith M;Doud D;Reddy TBK;Schulz F;Jarett J;Rivers AR;Eloe-Fadrosh EA;Tringe SG;Ivanova NN;Copeland A;Clum A;Becraft ED;Malmstrom RR;Birren B;Podar M;Bork P;Weinstock GM;Garrity GM;Dodsworth JA;Yooseph S;Sutton G;Glöckner FO;Gilbert JA;Nelson WC;Hallam SJ;Jungbluth SP;Ettema TJG;Tighe S;Konstantinidis KT;Liu WT;Baker BJ;Rattei T;Eisen JA;Hedlund B;McMahon KD;Fierer N;Knight R;Finn R;Cochrane G;Karsch-Mizrachi I;Tyson GW;Rinke C;Genome Standards Consortium;Lapidus A;Meyer F;Yilmaz P;Parks DH;Eren AM;Schriml L;Banfield JF;Hugenholtz P;Woyke T
通讯作者：
Woyke T