An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid.
An extended genotyping framework for Salmonella enterica serovar Typhi, the cause of human typhoid.
复制标题
DOI：
10.1038/ncomms12827
复制
发表时间：
2016-10-05
影响因子：
16.6
通讯作者：
Holt, Kathryn E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wong, Vanessa K.;Baker, Stephen;Connor, Thomas R.;Pickard, Derek;Page, Andrew J.;Dave, Jayshree;Murphy, Niamh;Holliman, Richard;Sefton, Armine;Millar, Michael;Dyson, Zoe A.;Dougan, Gordon;Holt, Kathryn E.
伤寒的病原体伤寒沙门氏菌（S. Typhi）的种群表现出有限的DNA序列变异，这使得合理区分单个分离株的努力变得复杂。在这里，我们利用来自60多个国家的近2000个分离株的全基因组序列（WGS）数据来生成一个强大的基因分型方案，该方案具有系统发育信息，并与一系列检测相兼容。这些数据表明，除了迅速传播的H58亚支（现在指定为基因型4.3.1）外，全球伤寒沙门氏菌种群结构高度结构化，包括数十个显示地理限制的亚支。本文提出的基因分型方法可用于询问当地的伤寒沙门氏菌种群，并有助于确定最近将伤寒沙门氏菌引入新的或以前流行的地区，提供有关其可能的地理来源的信息。这种方法可用于对临床分离物进行分类，并为进一步的实验研究提供了一个通用的框架。伤寒是由伤寒沙门氏菌引起的。本研究检查了约2000株伤寒沙门氏菌的临床分离株，以显示除快速传播的H58亚支外高度结构化/地理限制的基因组，并设计了用于跟踪该疾病的基因分型框架。
The population of Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi), the causative agent of typhoid fever, exhibits limited DNA sequence variation, which complicates efforts to rationally discriminate individual isolates. Here we utilize data from whole-genome sequences (WGS) of nearly 2,000 isolates sourced from over 60 countries to generate a robust genotyping scheme that is phylogenetically informative and compatible with a range of assays. These data show that, with the exception of the rapidly disseminating H58 subclade (now designated genotype 4.3.1), the global S. Typhi population is highly structured and includes dozens of subclades that display geographical restriction. The genotyping approach presented here can be used to interrogate local S. Typhi populations and help identify recent introductions of S. Typhi into new or previously endemic locations, providing information on their likely geographical source. This approach can be used to classify clinical isolates and provides a universal framework for further experimental investigations. Typhoid fever is caused by Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi). This study examines ∼2,000 clinical isolates of S. Typhi to show highly structured/geographically restricted genomes except rapidly disseminating H58 subclade, and design a genotyping framework for tracking the disease.
登录
查看更多内容
影响因子：
30.8
作者：
Holt, Kathryn E.;Parkhill, Julian;Mazzoni, Camila J.;Roumagnac, Philippe;Weill, Francois-Xavier;Goodhead, Ian;Rance, Richard;Baker, Stephen;Maskell, Duncan J.;Wain, John;Dolecek, Christiane;Achtman, Mark;Dougan, Gordon
通讯作者：
Dougan, Gordon
影响因子：
3.8
作者：
Holt KE;Dolecek C;Chau TT;Duy PT;La TT;Hoang NV;Nga TV;Campbell JI;Manh BH;Vinh Chau NV;Hien TT;Farrar J;Dougan G;Baker S
通讯作者：
Baker S
影响因子：
9.4
作者：
Baker, Stephen;Holt, Kathryn;Dougan, Gordon
通讯作者：
Dougan, Gordon
影响因子：
30.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
Stamatakis, Alexandros
通讯作者：
Stamatakis, Alexandros