Genome-Wide Identification of Chromatin Domains Anchored at the Nuclear Periphery in Plants.
Genome-Wide Identification of Chromatin Domains Anchored at the Nuclear Periphery in Plants.
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植物核外围锚定染色质结构域的全基因组鉴定
DOI：
10.1007/978-1-4939-8657-6_23
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发表时间：
2018
影响因子：
--
通讯作者：
Chang Liu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiuli Bi;Chang Liu
作为一个功能区室，核周边在调节核内染色质的空间组织和基因表达方面发挥着关键作用。通常，核周边是富含沉默染色质的转录抑制区室。研究植物核周边染色质定位的方法将大大促进我们对亚核区室转录调控的理解。在这里，我们描述了一个详细的RE-ChIP-seq（限制性内切酶介导的ChIP测序）协议，它结合了限制性内切酶介导的染色质片段化，染色质免疫沉淀，和下一代测序方法，以确定染色质定位在核周边inArabidopsis。与常规染色质免疫沉淀方法不同，RE-ChIP允许特异性富集位于感兴趣蛋白附近的染色质，而不管是否具有直接相互作用。原则上，这种方法适用于鉴定转录辅调节因子的靶染色质，其通常不直接结合DNA。
As a functional compartment, the nuclear periphery plays critical roles in regulating the spatial organization of chromatin in the nuclei and gene expression. Generally, the nuclear periphery is a transcriptionally repressed compartment enriched for silenced chromatin. Methods of investigating chromatin positioning at the nuclear periphery in plants will substantially advance our understanding of transcriptional regulation in this subnuclear compartment. Here, we describe a detailed RE-ChIP-seq (restriction enzyme-mediated ChIP-sequencing) protocol, which combines restriction enzyme-mediated chromatin fragmentation, chromatin immunoprecipitation, and next generation sequencing approaches, to identify chromatin that positioned at the nuclear periphery inArabidopsis. Different from a regular chromatin immunoprecipitation method, RE-ChIP allows specific enrichment of chromatin located near the protein of interest regardless of having direct interactions. In principle, this approach is applicable to identify target chromatin of transcriptional coregulators, which often do not directly bind DNA.
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