A whole-genome shotgun approach for assembling and anchoring the hexaploid bread wheat genome.
A whole-genome shotgun approach for assembling and anchoring the hexaploid bread wheat genome.
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用于组装和锚定六倍体面包小麦基因组的全基因组鸟枪方法。
DOI：
10.1186/s13059-015-0582-8
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发表时间：
2015-01-31
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Rokhsar DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chapman JA;Mascher M;Buluç A;Barry K;Georganas E;Session A;Strnadova V;Jenkins J;Sehgal S;Oliker L;Schmutz J;Yelick KA;Scholz U;Waugh R;Poland JA;Muehlbauer GJ;Stein N;Rokhsar DS
多倍体物种一直被认为是不可能进行全基因组组装的。通过结合高通量测序，并行计算的最新发展，遗传作图，我们推导出，从头，序列组装代表9.1 Gbp的高度重复的16 Gbp的六倍体小麦，小麦基因组，并分配7.1 Gb的染色体位置。我们组装的基因组表示和准确性与染色体-染色体鸟枪组装相当，甚至超过染色体-染色体鸟枪组装。我们的组装和定位策略仅使用短读段测序技术，并且适用于可以构建定位群体的任何物种。本文的在线版本（doi：10.1186/s13059-015-0582-8）包含补充材料，可供授权用户使用。
Polyploid species have long been thought to be recalcitrant to whole-genome assembly. By combining high-throughput sequencing, recent developments in parallel computing, and genetic mapping, we derive, de novo, a sequence assembly representing 9.1 Gbp of the highly repetitive 16 Gbp genome of hexaploid wheat, Triticum aestivum, and assign 7.1 Gb of this assembly to chromosomal locations. The genome representation and accuracy of our assembly is comparable or even exceeds that of a chromosome-by-chromosome shotgun assembly. Our assembly and mapping strategy uses only short read sequencing technology and is applicable to any species where it is possible to construct a mapping population. The online version of this article (doi:10.1186/s13059-015-0582-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
3.7
作者：
Chapman JA;Ho I;Sunkara S;Luo S;Schroth GP;Rokhsar DS
通讯作者：
Rokhsar DS
影响因子：
1.7
作者：
Jurka, J;Kapitonov, VV;Walichiewicz, J
通讯作者：
Walichiewicz, J
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
7
作者：
Green, P
通讯作者：
Green, P
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt178
发表时间：
2013-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Birol I;Raymond A;Jackman SD;Pleasance S;Coope R;Taylor GA;Yuen MM;Keeling CI;Brand D;Vandervalk BP;Kirk H;Pandoh P;Moore RA;Zhao Y;Mungall AJ;Jaquish B;Yanchuk A;Ritland C;Boyle B;Bousquet J;Ritland K;Mackay J;Bohlmann J;Jones SJ
通讯作者：
Jones SJ