Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN.
Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts270
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发表时间：
2012-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Schreiber F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Iersel MP;Villéger AC;Czauderna T;Boyd SE;Bergmann FT;Luna A;Demir E;Sorokin A;Dogrusoz U;Matsuoka Y;Funahashi A;Aladjem MI;Mi H;Moodie SL;Kitano H;Le Novère N;Schreiber F
动机：LibSBGN是一个软件库，用于阅读、写入和操作使用最近开发的SBGN-ML文件格式存储的系统生物学图形记法（SBGN）图谱。该库（在C++和Java中可用）使开发人员可以轻松地将SBGN支持添加到他们的工具中，而文件格式则有助于在兼容的软件应用程序之间交换映射。该库还支持地图验证，这简化了确保符合详细SBGN规范的任务。通过这一努力，我们希望增加SBGN在生物信息学工具中的采用，最终使更多的研究人员能够以精确和明确的方式可视化生物知识。可用性和实施：里程碑2于2011年12月发布。源代码、示例文件和二进制文件可以在LGPL v2.1+或Apache v2.0开源许可证的条款下从http://libsbgn.sourceforge.net免费获得。联系人：sbgn-libsbgn@lists.sourceforge.net
Motivation: LibSBGN is a software library for reading, writing and manipulating Systems Biology Graphical Notation (SBGN) maps stored using the recently developed SBGN-ML file format. The library (available in C++ and Java) makes it easy for developers to add SBGN support to their tools, whereas the file format facilitates the exchange of maps between compatible software applications. The library also supports validation of maps, which simplifies the task of ensuring compliance with the detailed SBGN specifications. With this effort we hope to increase the adoption of SBGN in bioinformatics tools, ultimately enabling more researchers to visualize biological knowledge in a precise and unambiguous manner. Availability and implementation: Milestone 2 was released in December 2011. Source code, example files and binaries are freely available under the terms of either the LGPL v2.1+ or Apache v2.0 open source licenses from http://libsbgn.sourceforge.net. Contact: sbgn-libsbgn@lists.sourceforge.net
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