Soft selective sweeps: Addressing new definitions, evaluating competing models, and interpreting empirical outliers.
Soft selective sweeps: Addressing new definitions, evaluating competing models, and interpreting empirical outliers.
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软选择性扫描：解决新的定义，评估竞争模型以及解释经验异常值。
DOI：
10.1371/journal.pgen.1010022
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发表时间：
2022-03
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
Jensen JD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Johri P;Stephan W;Jensen JD
根据核苷酸变异模式准确识别和量化与软选择性扫描相关的遗传特征的能力仍然存在争议。在这里，我们提供了相反的观点，最近出版的PLOS遗传学，认为不仅是统计识别的软选择性扫描，但也为他们普遍的进化作用，在果蝇和艾滋病毒种群。我们提出的证据表明，这些主张是由于缺乏考虑竞争的进化模型，不合理的解释的经验离群值，以及新的定义的过程本身。我们的研究结果强调了基于假设和情景过程的拟合进化模型的危险，而没有首先适当考虑共同的过程，更普遍的是，在某些研究领域，将普遍的积极选择视为已成定局的趋势。
The ability to accurately identify and quantify genetic signatures associated with soft selective sweeps based on patterns of nucleotide variation has remained controversial. We here provide counter viewpoints to recent publications in PLOS Genetics that have argued not only for the statistical identifiability of soft selective sweeps, but also for their pervasive evolutionary role in both Drosophila and HIV populations. We present evidence that these claims owe to a lack of consideration of competing evolutionary models, unjustified interpretations of empirical outliers, as well as to new definitions of the processes themselves. Our results highlight the dangers of fitting evolutionary models based on hypothesized and episodic processes without properly first considering common processes and, more generally, of the tendency in certain research areas to view pervasive positive selection as a foregone conclusion.
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DOI：
10.1098/rspb.1979.0086
发表时间：
1979-01-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE ROYAL SOCIETY SERIES B-BIOLOGICAL SCIENCES
影响因子：
--
作者：
GOULD, SJ;LEWONTIN, RC
通讯作者：
LEWONTIN, RC
影响因子：
3.3
作者：
Jain, Kavita
通讯作者：
Jain, Kavita
影响因子：
4.5
作者：
Comeron JM;Ratnappan R;Bailin S
通讯作者：
Bailin S
影响因子：
4.5
作者：
Garud NR;Messer PW;Petrov DA
通讯作者：
Petrov DA
影响因子：
4.5
作者：
Comeron, Josep M.
通讯作者：
Comeron, Josep M.