Archaea: the first domain of diversified life.
Archaea: the first domain of diversified life.
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古细菌：多元化生活的第一个领域。
DOI：
10.1155/2014/590214
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kim KM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Caetano-Anollés G;Nasir A;Zhou K;Caetano-Anollés D;Mittenthal JE;Sun FJ;Kim KM
多样性生命起源的研究一直受到技术和概念上的困难、争议和先验论的困扰。现在普遍接受的是，宇宙生命之树植根于无核生物，而真核生物和真核生物是姐妹群体。然而，进化的研究绝大多数集中在核酸和蛋白质序列，部分完成的三个主要步骤的系统发育分析，制定现实的进化模型，并优化树重建只有两个。在缺乏性格极化的情况下，也就是说，没有识别祖先和衍生性格状态的能力，任何关于生命之树扎根的说法都应该被认为是可疑的。在这里，我们表明，大分子结构和一个新的系统发育分析框架，侧重于生物系统的部分，而不是整个提供了深入和可靠的系统发育信号，使我们能够提出起源的假设。我们回顾了十多年的基因组学研究，这些研究在数百万编码蛋白质和RNA的基因组普查中挖掘信息。我们展示了如何使用符合韦斯顿的一般性标准的分子积累的过程模型，支持一个一致的生物多样性的起源可以追溯到早期的历史的基因组的情况下，多样化的生活。
The study of the origin of diversified life has been plagued by technical and conceptual difficulties, controversy, and apriorism. It is now popularly accepted that the universal tree of life is rooted in the akaryotes and that Archaea and Eukarya are sister groups to each other. However, evolutionary studies have overwhelmingly focused on nucleic acid and protein sequences, which partially fulfill only two of the three main steps of phylogenetic analysis, formulation of realistic evolutionary models, and optimization of tree reconstruction. In the absence of character polarization, that is, the ability to identify ancestral and derived character states, any statement about the rooting of the tree of life should be considered suspect. Here we show that macromolecular structure and a new phylogenetic framework of analysis that focuses on the parts of biological systems instead of the whole provide both deep and reliable phylogenetic signal and enable us to put forth hypotheses of origin. We review over a decade of phylogenomic studies, which mine information in a genomic census of millions of encoded proteins and RNAs. We show how the use of process models of molecular accumulation that comply with Weston's generality criterion supports a consistent phylogenomic scenario in which the origin of diversified life can be traced back to the early history of Archaea.
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影响因子：
3.3
作者：
Alvarez-Ponce D;McInerney JO
通讯作者：
McInerney JO
DOI：
10.1073/pnas.0701214104
发表时间：
2007-05-29
影响因子：
11.1
作者：
Caetano-Anolles, Gustavo;Kim, Hee Shin;Mittenthal, Jay E.
通讯作者：
Mittenthal, Jay E.
影响因子：
3.7
作者：
Caetano-Anollés G;Wang M;Caetano-Anollés D
通讯作者：
Caetano-Anollés D
影响因子：
14.9
作者：
Caetano-Anollés, G
通讯作者：
Caetano-Anollés, G
影响因子：
3.9
作者：
Caetano-Anollés, G
通讯作者：
Caetano-Anollés, G