SIMAP: the similarity matrix of proteins.
SIMAP: the similarity matrix of proteins.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkj106
复制
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mewes, H. Werner
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rattei, Thomas;Arnold, Roland;Tischler, Patrick;Lindner, Dominik;Stumpflen, Volker;Mewes, H. Werner
Similarity Matrix of Proteins（SIMAP）（）提供了一个基于预先计算的相似性矩阵的数据库，该矩阵覆盖了由来自公共数据库和完全测序的基因组的超过400万个氨基酸序列形成的相似性空间。该数据库能够处理非常大的数据集，并逐步更新。对于序列相似性搜索和成对比对，我们实现了一个网格使能的软件系统，这是基于FASTA算法和Smith-Waterman算法。我们的ProtInfo系统允许通过SIMAP数据集覆盖的蛋白质序列以及这些序列的片段、高度相似的序列和标题词进行查询。数据库中的每个序列都补充了通过详细的序列分析生成的预先计算的特征。通过提供WWW接口以及Web服务，我们提供的SIMAP资源作为一个有效的和全面的工具，序列相似性搜索。
Similarity Matrix of Proteins (SIMAP) () provides a database based on a pre-computed similarity matrix covering the similarity space formed by >4 million amino acid sequences from public databases and completely sequenced genomes. The database is capable of handling very large datasets and is updated incrementally. For sequence similarity searches and pairwise alignments, we implemented a grid-enabled software system, which is based on FASTA heuristics and the Smith–Waterman algorithm. Our ProtInfo system allows querying by protein sequences covered by the SIMAP dataset as well as by fragments of these sequences, highly similar sequences and title words. Each sequence in the database is supplemented with pre-calculated features generated by detailed sequence analyses. By providing WWW interfaces as well as web-services, we offer the SIMAP resource as an efficient and comprehensive tool for sequence similarity searches.
登录
查看更多内容
影响因子：
3
作者：
Michalickova K;Bader GD;Dumontier M;Lieu H;Betel D;Isserlin R;Hogue CW
通讯作者：
Hogue CW
影响因子：
3.9
作者：
GOJOBORI, T;LI, WH;GRAUR, D
通讯作者：
GRAUR, D
影响因子：
14.9
作者：
Krause, A;Haas, SA;Vingron, M
通讯作者：
Vingron, M
影响因子：
14.9
作者：
Kriventseva, EV;Fleischmann, W;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R
影响因子：
5.8
作者：
Petryszak, R;Kretschmann, E;Apweiler, R
通讯作者：
Apweiler, R