A flow cytometry-based screen for synthetic riboswitches.
A flow cytometry-based screen for synthetic riboswitches.
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DOI：
10.1093/nar/gkn924
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gallivan JP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lynch SA;Gallivan JP
核糖开关通过直接的小分子-mRNA相互作用调节基因表达。从体外选择的适体产生新的合成核糖开关受益于快速、高通量的方法，所述方法用于鉴定能够在所需配体存在下触发基因表达的显著变化的开关。在这里，我们提出了一个基于流式细胞术的屏幕识别合成核糖开关，诱导强大的基因表达增加茶碱的存在。我们新鉴定的核糖开关的性能特征超过了先前描述的天然和合成核糖开关。测序数据和结构探测实验揭示了核糖体结合位点是开关性能如何的重要决定因素，并可能为新的合成核糖开关的设计提供见解。
Riboswitches regulate gene expression through direct, small molecule–mRNA interactions. The creation of new synthetic riboswitches from in vitro selected aptamers benefits from rapid, high-throughput methods for identifying switches capable of triggering dramatic changes in gene expression in the presence of a desired ligand. Here we present a flow cytometry-based screen for identifying synthetic riboswitches that induce robust increases in gene expression in the presence of theophylline. The performance characteristics of our newly identified riboswitches exceed those of previously described natural and synthetic riboswitches. Sequencing data and structure probing experiments reveal the ribosome binding site to be an important determinant of how well a switch performs and may provide insights into the design of new synthetic riboswitches.
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--
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Aharoni, A;Amitai, G;Tawfik, DS
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Gallivan, Justin P.