GFICLEE: ultrafast tree-based phylogenetic profile method inferring gene function at the genomic-wide level.
GFICLEE: ultrafast tree-based phylogenetic profile method inferring gene function at the genomic-wide level.
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GFICLEE：基于树的超快系统发育图谱方法在全基因组水平推断基因功能
DOI：
10.1186/s12864-021-08070-7
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发表时间：
2021-10-29
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Yang Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fang Y;Li M;Li X;Yang Y
背景系统发育分析被广泛用于预测大蛋白复合物的新成员和生物学途径。虽然方法结合系统发育树有显着提高预测精度，计算效率仍然是一个问题，限制了其基因组明智的application.ResultsHere，我们引入了一个新的基于树的系统发育分析算法命名GFICLEE，推断共同的单一和连续的损失（SCL）事件的进化模式。我们用三个数据库中的人类通路验证了我们的算法，并将计算效率与当前基于树的10个不同尺度的基因组数据集进行了比较。结论GFICLEE是一种新的全基因组基因功能推断方法。GFICLEE的准确性和计算效率使得在个人计算机上探索全基因组水平的基因功能成为可能。
BackgroundPhylogenetic profiling is widely used to predict novel members of large protein complexes and biological pathways. Although methods combined with phylogenetic trees have significantly improved prediction accuracy, computational efficiency is still an issue that limits its genome-wise application.ResultsHere we introduce a new tree-based phylogenetic profiling algorithm named GFICLEE, which infers common single and continuous loss (SCL) events in the evolutionary patterns. We validated our algorithm with human pathways from three databases and compared the computational efficiency with current tree-based with 10 different scales genome dataset. Our algorithm has a better predictive performance with high computational efficiency.ConclusionsThe GFICLEE is a new method to infers genome-wide gene function. The accuracy and computational efficiency of GFICLEE make it possible to explore gene functions at the genome-wide level on a personal computer.
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DOI：
10.1126/science.1214977
发表时间：
2012-05-18
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Bick AG;Calvo SE;Mootha VK
通讯作者：
Mootha VK
影响因子：
14.9
作者：
Harris, MA;Clark, J;White, R
通讯作者：
White, R
影响因子：
1.4
作者：
Eisen, JA;Wu, M
通讯作者：
Wu, M
影响因子：
7.5
作者：
Friedman, N;Geiger, D;Goldszmidt, M
通讯作者：
Goldszmidt, M
DOI：
10.1083/jcb.201011152
发表时间：
2011-07-25
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Carvalho-Santos Z;Azimzadeh J;Pereira-Leal JB;Bettencourt-Dias M
通讯作者：
Bettencourt-Dias M